בעקבות פיגוע הירי ופציעתו הקשה של פעיל הימין יהודה גליק, צף שוב הפולמוס ההלכתי סביב העלייה להר הבית. רוב פוסקי ההלכה חרדים ודתיים, גדולי עולם בעבר וכיום פסקו כי חל איסור גורף לעלות אל הר הבית. מנגד, רבנים שמתירים את העלייה להר, נמצאים בעמדת מיעוט.
הרב מרדכי נגארי, רב העיר מעלה אדומים ורבו של יהודה גליק, נחרץ בדעתו ואומר כי לא חל שינוי בעמדתו מאז שגדולי ישראל פרסמו לפני כמה שנים 'קול קורא' נגד עליית יהודים להר הבית.
בשיחה עם כיכר השבת אמר הרב נגארי: "דעתי בנוגע לעליית יהודים להר הבית, כדעת מורי ורבי הרב מרדכי אליהו זצוק"ל, הסובר שהאיסור לעלות להר הבית נובע מאיסור הלכתי". עוד הוסיף הרב כי "זאת למרות שליבו של כל יהודי הומה ומשתוקק לעלות למקום קדוש זה שהוא מקום המקדש, לב לבה של האומה היהודית, מקום אשר ממנו הושתת העולם".
הרב מבקש להבהיר כי הוא מתנגד לעלייה להר הבית אך ורק בגלל פסק ההלכה האוסר זאת, אך אם הסיבה לכך הייתה מניעת מהומות מצד תושבי מזרח ירושלים הערבים, פסיקתו הייתה שונה. "מה חבל שדבריי צוטטו כקורא שלא לעלות להר הבית על מנת שלא לעורר פרובוקציות, וכאמור כל הקריאה הייתה מתוקף הלכתי ותו לא".
הדיון שהתקיים בעקבות פסיקתו של הרב באה לאחר שהרב שב ופרסם את ה'קול קורא' שפורסם לפני כמה שנים על ידי גדולי התורה ובו איסור עליית יהודים להר הבית. המכתב המדובר יצא בשלהי חודש שבט תשע"ב, על ידי הראשל"צ הגאון רבי שלמה משה עמאר, תחת הכותרת: "קריאת קודש - הישמרו לכם מעלות בהר ונגוע בקצהו", הוא כתב: "הנני מוצא לי חובה קדושה להעיר את לבבכם כי איסור גמור הוא על-פי ההלכה לעלות להר הבית, ואיסור זה היה פשוט וברור מקדם קדמתה, והדבר נאסר על-ידי כל גדולי ישראל".
"אך בהיות ובתקופה האחרונה כל מיני ארגונים קוראים אל הציבור לעלות אל הר הבית", המשיך הרב עמאר במכתבו, "הנני לגלות בזה דעת תורה, כי האיסור בתוקפו עומד, ואיסור מוחלט לעלות אל הר הבית בזמן הזה".
מרן הגר"ע יוסף זצוק"ל צירף את חתימתו למכתב הקורא לאסור באופן גורף את העליה להר הבית, בעקבות דברי רב כותל המערבי, הרב שמואל רבינוביץ, על העליה במספר האנשים הפוקדים את הר הבית וההתארגנויות השונות הצצות חדשות לבקרים. רב הכותל פנה למרן הגר"ע יוסף לבקשת השב"כ.
הגר"ע יוסף, הוסיף בכתב ידו לצד החתימה: "אני מצטרף בכל לב ונפש לקריאת קודש הנ"ל". על המכתב חתומים גם הגאון רבי שלום כהן ראש ישיבת 'פורת יוסף' בעיר העתיקה, הרב אביגדור נבנצל רבה של העיר העתיקה והרב שמואל רבינוביץ.