העמותה תפורק בשל אי סדרים: בית המשפט העליון הכריע כי עמותת ישיבת נתיבות התורה תפורק זאת לאור אי סדרים כספיים, וכן בשל דיווחים כוזבים על מספר תלמידים.
בכך נענה הנשיא, אשר גרוניס, לבקשת רשם העמותות שדרש לפרק את העמותה המפעילה ישיבה לנוער חרדי נושר. הסיבה הראשונה לבקשת הפירוק הייתה העובדה כי משרד החינוך המתקצב את הישיבה לא מצא פעילות בכתובות בהן רשומה הישיבה, כשבאחד המקומות בהן דווח כי הישיבה קיימת נמצאו שני תלמידים בלבד זאת לעומת 42 עליהם דיווחו המנהלים.
הסיבה השנייה הייתה בעקבות דוח של רו״ח שהעלה חשד סביר שכספי התמיכה לא משמשים רק למטרות להם הן אושרו מלכתחילה.
יצויין כי למרות שבית משפט המחוזי בירושלים דחה את הבקשה וטען כי ניתן להורות על פירוק עמותה רק כאשר הקשיים והאי-סדרים בה עלו לדרגה בלתי נסבלת בעליל, הפך הנשיא גרוניס בערעור שהוגש לבית המשפט העליון את ההחלטה תוך שהוא מסביר מנגד כי די בקיומן של ראיות מספיקות לכך שפעילות העמותה בניגוד לעקרונות יסוד של הגינות ומינהל תקין. ולכן קבע כי בנוגע לעמותת נתיבות התורה מספיקים הנתונים שהוצגו כדי להצדיק את פירוק העמותה.
השופט הדתי נעם סולברג הצטרף לעמדת גרוניס והביא מדבריו של מרן פוסק הדור הגר״מ פינשטיין זצ״ל שכתב על האיסור לקחת ממון שלא כדין מהממשלה כי זה דבר שהוא "כנגד כל תכלית הישיבות והלימוד שם להתלמידים להיות יראי ה' באמת ולהיזהר באיסורי ממון ביותר".