שבועות אחדים אחרי תחילת המאבק שפורסם לראשונה ב"כיכר השבת", במשרד התחבורה חזרו בהם מהחלטתם שלא לאפשר את ההסדר לפיו הפוקדים את רחבת הכותל במהלך יום שבת יוכלו לנסוע באוטובוסים עם צאתה ללא תשלום ולשלם למחרת.
החל ממוצאי שבת הקרובה, תפעיל חברת 'אגד' בכל מוצאי שבת וחג, שני סבבים של נסיעה מיוחדת במסלול קווי הכותל, קווים 1 ו-3. לפי החלטת משרד התחבורה, האוטובוסים הראשונים יצאו - רבע שעה לאחר צאת השבת והאוטובוסים בסבב השני, יצאו בצאת השבת לפי זמן רבינו תם.
החלטה זו הגיע לאחר משא ומתן קדחתני בין משרד התחבורה וחברת אגד, לאחר שהתקבלו תלונות רבות מצד נוסעים חרדים שהלינו על ביטול ההסדר שקיים מאז מלחמת ששת הימים. הנוסעים החרדים קבלו על עצם הפקפוק באמינותם כי הם לא ישלמו במועד אחר על הנסיעה במוצאי שבת.
הסערה החלה כאשר פקיד הגבייה במשרד התחבורה הורה באופן חד משמעי לחברת אגד להפסיק באופן מיידי ולאלתר את הנוהג המדובר. בחברת אגד בדקו מאז קבלת ההוראה, כיצד ניתן יהיה לשנותה. הפקיד הסביר כי יש הוראה חד משמעית "לגבות כסף מכל נוסע ולא משנה מה".
גורם המעורב בפרטים מתח ביקורת כנגד החלטה עם פרסומה: "איך יכול להיות שכך בהינף יד יכול פקיד כל שהוא לבטל נוהל תחבורתי שקיים ארבעים שנה וכולם נהנים ממנו, גם חברת התחבורה שמרוויחה את הכסף וגם הנוסעים עצמם שלא צריכים לשוב למחוז חפצם באופן רגלי ולהיטלטל עם הילדים בשעות הערב, זו פשוט שערורייה".
למרות הוראת משרד התחבורה, ההסדר היה חזר להתקיים עד להחלטה הסופית שהתקבלה בימים האחרונים, זאת לאחר שיחה בין חבר-הכנסת, אורי מקלב (יהדות התורה) לבין חגי יציב, מנהל אגף התנועה בחברת 'אגד' בירושלים, ובסיומה של השיחה, הוחלט כי ההסדר שהחל עוד בתום מלחמת ששת הימים, ימשיך להתקיים עד לסיום המשא ומתן בינם לבין משרד התחבורה.