צה"ל מחזיק מעבדה מיוחדת לתיקון ושיפוץ ספרי תורה, בה חיילי היחידה מתקנים ואף כותבים מאות ספרי תורה בשנה.
המעבדה ממוקמת במרכז הארץ, בבסיס צריפין של הרבנות הראשית. חיילי היחידה מורכבים מסופרי-סת"ם מקצועיים, אשר דואגים באופן קבוע לתקינותם וכשרותם של ספרי התורה בבסיסי צה"ל ברחבי הארץ.
המעבדה נמצאת תחת פיקודו של רס"ל יעקב דרוקמן, שהסביר בשיחה עם אתר "כיפה" את נחיצותה הרבה של היחידה: "רובם של ספרי התורה שצה"ל מחזיק הם ספרים ישנים מאוד, בעיקר כאלה שניצלו מהשואה", בנוסף, גם אם מדובר בספרי תורה חדשים, הם חשופים לפגעי מזג האוויר בשל התנאים הלא שגרתיים בהם הספרים מוחזקים. "בטח כשיוצאים איתם לשטח" אומר דרוקמן, "פוגעים בהם והורסים אותם. כשזה קורה, הספרים נשלחים לטיפול שלנו, טיפול שיכול להימשך בין שבוע-שבועיים לשנה שלמה, תלוי ברמת הפגיעה בספר".
היחידה הוקמה לאחר שלא מעט חיילים שנמצאים בשטח, בבסיסים וימי שדאות, גילו לפתע תוך כדי קריאת פרשת השבוע, כי אחת האותיות או אף מילה שלמה נמחקו, מה שלמעשה פוסל את ספר התורה לקריאה. תמונה של הפגם נשלחת על ידי החיילים או רב היחידה לרב דרוקמן והוא קובע באם יש צורך להביא את ספר התורה למעבדה לתיקון.
תיקון הספר מתבצע בידי ידיים מקצועיות. חיילי היחידה מתגייסים אליה לאחר שהם מוכיחים נכונות וכישרון לעסוק בסת"ם. הרבנות הצבאית מעבירה אותם קורס סת"ם מקיף ואינטנסיבי לשיפור ושכלול ביצועיהם. בסוף הקורס יעמדו החיילים בפני מבחן שיוודא כי אכן ביכולתם להיות סופרי סת"ם. היחידה כוללת חמישה חיילים בסך הכל, אך בזמני לחץ מתגייסים גם מילואימניקים כמו בכל יחידה צבאית.
במעבדה, עובר אחד החיילים על הספר ולאחר מכן עובר הספר אבחון גם בתוכנת מחשב הייחודית ליחידה הצה"לית. במידה והפגם רציני שתיקונו דורש זמן רב, הבסיס יקבל באופן זמני ספר תורה חלופי מהאוצר הקיים במעבדה.
רס"ל דרוקמן מתאר תמונת מצב שגרתית ביחידה, בה חברי יחידה אחרת מגיעים ביום חמישי בצהריים או אפילו ביום שישי, לפני הירידה לשטח בשבת. "ספר התורה שלהם פגום והם חייבים שנתקן אותו. בשעות האלה ובטווחי הזמן האלה אין סופר סת"ם באזרחות שהיה עוזר להם. אנחנו במעבדה מוכנים לעבוד למענם בכל שעות היום ואם יש צורך גם לקפוץ מהבית ביום שישי כדי שלחיילים יהיה ספר תורה לקרוא בשבת".
רס"ל יעקב דרוקמן התגייס ליחידת הסת"ם לפני עשר שנים ועבורו, השירות ביחידה משמעותי מאוד: "לפני שהתגייסתי שמעתי שיש מקום כזה בצה"ל שמתקנים ספרי תורה וחשבתי שאם אני כבר יודע את המלאכה אז מדוע שלא אתרום לצה"ל במה שאני עושה הכי טוב", הוא מספר. "הרגשתי מאוד טוב בשירות שלי כחייל סדיר והחלטתי להישאר ולתרום ולנהל את המעבדה. אין הרגשה טובה כמו לקחת ספר פגום, לתקן אותו ולדעת שיש עכשיו מחלקה בשטח שקוראת ממנו. זו ההרגשה הכי טובה שיש ומבחינתי זה שווה כל מאמץ. אני והחיילים שלי יושבים שעות על ספר תורה אחד וזה כמובן לא פשוט, אך ברגע שאנחנו מסיימים ומחזירים אותו ליחידה ואני יודע שהבאתי להם ספר כשר, אני מתמלא בשמחה".