שירות הביטחון הכללי (השב"כ) והמוסד אסרו על עובדיהם להשתתף בניסוי המאגר הביומטרי ולהחליף את תעודות הזהות והדרכונים שלהם בתעודות חכמות.
בנוסף, קצינים ביחידות רגישות בצה"ל הונחו שלא להצטרף לניסוי. ההנחיות מגיעות על רקע קמפיין שהועלה לרשת הקורא לאזרחים שלא להשתתף בניסוי של משרד הפנים.
גופי הביטחון חוששים כי במידה וידלוף המידע השמור במאגר ייגרם לפעילותם נזק כבד. "הארץ" פרסם כי ההנחיה לעובדים בגופי הביטחון התקבלה כבר עם השקת המאגר הביומטרי, אך רק כעת היא הותרה לפרסום.
לדברי משרד הפנים, המעודד את אזרחי ישראל להחליף את תעודות הזהות הישנות בתעודות החדשות, כשלדברי המשרד, הדבר ימנע שימוש בזהויות כפולות.
כאמור, בשב"כ ובמוסד הורו לעובדים (סוכנים) שלא להחליף את תעודות הזהות, זאת מחשש שהמאגר ידלוף לרשת, ובמקרה כזה הדבר עשוי להגביל את פעילות הסוכנים.
יש לציין כי, שני גופי הביטחון התנגדו להקמת המאגר החדש.
לדברי מומחים לאבטחת מידע, דליפת המאגר עלולה להשבית את פעילות גופי הביטחון למשך שנים.
כזכור, מרשם האוכלוסין של מדינת ישראל (אגרון) דלף לרשות הציבור וגרם לנזק אדיר למדינה ולפרטיות האזרחים.
ההצטרפות למאגר הביומטרי כיום איננה חובה, זאת כאשר הניסוי צפוי להימשך כשנתיים, שבסיומם יוחלט האם לעבור לתעודות זהות חכמות ולחייב את אזרחי ישראל לעבור לתעודות החכמות.
רשות האוכלוסין וההגירה הודיעה כי בחצי השנה הראשונה לניסוי הצטרפו למאגר 192 אלף ישראלים.