הרב עמית עומר מביא עמו ניסיון עשיר בעולם החינוך החרדי. בעברו שימש כמנהל ישיבה תיכונית חרדית במשך שנים רבות, שם צבר הבנה מעמיקה של הצרכים הייחודיים של התלמידים והוריהם.
כיום, בתפקידו כמנהל הפדגוגי של ארגון לשם, הוא מוביל את המהלכים לקידום וטיוב הישיבות התיכוניות החרדיות ברחבי הארץ. הארגון, תחת הנהגתו הפדגוגית, מסייע לישיבות הן בהיבט הכמותי של גידול מספר התלמידים והן בהיבט האיכותי של שיפור הרמה הפדגוגית והטכנולוגית.
הרב עומר מוביל את מערך הייעוץ של ארגון לשם, המסייע להורים בבחירת המסגרת המתאימה לבניהם, מתוך היכרות מעמיקה עם המאפיינים הייחודיים של כל אחת מהישיבות התיכוניות החרדיות הפועלות כיום בארץ.