היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין פנה לראש הממשלה בנימין נתניהו בדרישה שיקול את השלכות החקירה נגד מזכיר הממשלה אביחי מנדלבליט שהיה מעורב בפרשת הרפז.
היועץ ביקש מנתניהו לבדוק את ההשלכות ובכך להכריע האם להמשיך את כהונתו בתפקיד מזכיר הממשלה ולהביא את הנושא להצעת שרי הממשלה.
במכתב שפורסם לראשונה ב"הארץ", היועץ המשפטי אינו קובע כי יש מניעה משפטית להמשך כהונתו של מזיכר הממשלה הנוכחית אך מציע סתירות שנמצאו בהתנהלותו ועל כך כתב כי מדובר ב"כתם ערכי־נורמטיבי. מנדלבליט לא קיבל על עצמו את האפשרות כי פעל שלא כהלכה וממילא גם לא הביע חרטה כלשהי על אלו ממעשיו. בהתנהלות זו יש לטעמי כדי להטיל דופי באמינותו של מנדלבליט".
הסנגוריה הצבאית, המייצגת את מנדלבליט מסרה בתגובה: "הטענות המובאות במכתב היועץ המשפטי לממשלה לראש הממשלה באשר לסתירות כביכול בעדויותיו של אלוף (מיל') מנדלבליט - משוללות כל יסוד. מנדלבליט מסר בכל חקירותיו גירסת אמת... בנסיבות אלה מקומם ואף מביך הניסיון לדלות מתוך עשרות עמודי החקירה של מנדלבליט קטעי משפטים, מנותקי כל הקשר, על מנת להציגם כסתירות כביכול". עוד מאשימה הסניגוריה את היועמ"ש בהפרת צווי איסור פרסום ובהפרת האיסור של האזנות סתר.
היועץ המשפטי לממשלה החליט לפני מספר שבועות לסגור את תיק החקירה נגד מזכיר הממשלה, בנוגע למעורבותו ב"פרשת הרפז". בחוות הדעת לא צויינה הסיבה לגניזת התיק.
מנדלבליט נחקר בעבר בחשד לשיבוש הליכי משפט והפרת אמונים, זאת לאחר שהיה חשוד שבתקופת כהונתו כפרקליט הצבאי הראשי לא עדכן את היועמ"ש על כך שמסמך הרפז נמצא בידי הרמטכ"ל דאז גבי אשכנזי, זאת על אף שידע כי המשטרה מחפשת אותו.
וינשטיין כתב בחוות הדעת כי החליט לקבל את המלצת פרקליט המדינה מאחר וישנם "קשיים ראייתיים מסוימים להוכחת ביצועה של העבירה האמורה על ידי מנדלבליט ברמת ההוכחה הנדרשת במשפט פלילי, בעיקר במישור הוכחת היסוד הנפשי".
עוד כתב וינשטיין כי "מכלול נסיבות האירוע כולו, ובעיקר העובדה שמנדלבליט עשה את המעשה הנכון כבר למחרת היום והעובדה שלא נגרם נזק קונקרטי לחקירה, מובילים למסקנה כי אין הצדקה להגיש נגדו כתב אישום בגין האירועים המתוארים".