בשבועות אלו הנודעים כפרשיות השובבי"ם נוהגים בכל קהילות ישראל מנהגים מיוחדים לימי השובבי"ם שהם ימים מסוגלים. יש המתענים בימי חמישי ושבת, אחרים בוחרים להתענות בימי שני וחמישי, ויש המתענים בימי שישי.
ישנם שנהוג אצלם להימנע מאכילת בשר בימים אלו, אך לא להתענות. נוסף לכך, יש המבצעים סדרי סליחות ותיקונים, ויש הנוהגים לומר בציבור את כל ספר התהילים. מנהגים נוספים כוללים תענית דיבור או לימוד רצוף במשך חמש שעות. לכל קהילה יש את המנהגים שלה, וכולם נוהגים על פי הדרך המסורתית המיוחדת להם.
המקור הקדום ביותר למנהגי השובבי"ם נמצא בספר "לקט יושר" שחיבר רבי יוסף יוזפא אוסטרייכר במאה ה-15. בספר הוא כותב על המנהג להתענות בשנים מעוברות בפרשיות שובבי"ם, בכל יום חמישי של הפרשיות, והיה נהוג לפדות את התענית בממון.
יתכן שמנהג זה נכתב כ-50 שנה קודם בספר "המנהגים" של רבי יצחק אייזיק טירנא, שם צוין גם כן קביעת תעניות בשובבי"ם. ההוספות בספר "המנהגים" מעידות על כך שמנהג השובבי"ם היה מקובל הרבה לפני כן.
מנהג בקהילות החסידים
בקהילות החסידים, למרות שמרבים במנהגי האר"י, בעניין תענית שובבי"ם לא נוהגים להתענות בתעניות רצופים כפי שמצוין בכתבי האר"י. במקום זאת, מתחזקים בתורה, עבודה ובקדושה בדרכים אחרות.
המקור למנהג זה טמון בגדולי החסידות, שלדבריהם, בדורות אלו אין צורך בתעניות מרובות או סיגופים. רבי אלימלך מליזענסק הורה להתמקד בתורה ועבודה ולא בתעניות. תלמידו, בעל ה'מאור ושמש', כתב כי עיקר התשובה הוא על ידי תורה, תפילה וצדקה ולא בסיגופים.
בספר 'אוהב ישראל' מצוין כי למרות שדורותינו לא יכולים לעמוד בתעניות כפי שהיה בעבר, יש להתאמץ בתשובה דרך תורה, תפילה וצדקה, בעיקר בלימוד תורה שבעל פה. בספר 'שם משמואל' מצוין בשם הרה"ק מקאצק, כי ההילוך בדרך התורה הוא הסיגוף הגדול ביותר, ושהקדשת הזמן לתורה מועילה יותר מכל סיגוף גופני.