במסכת סנהדרין, דף י”ב, אנו מוצאים אזכור מעניין בעניין מצוות ‘התכלת’. כאמור, המצוות שאינן מתקיימות כיום, קשורות ברובן לבית המקדש ולארץ ישראל, ואינן ניתנות לקיום בשל גלות ישראל וחורבן הבית. אולם מצוות התכלת עומדת בנפרד, שכן אנחנו נמנעים מקיומה לא בגלל חורבן בית המקדש, אלא משום שנאבדה מאתנו אפשרות קיומה.
במדרש (במדבר רבה, פרשה י"ז, פסקה ה; תנחומא, פרק טו) מצוה להביא לבן ותכלת ויעשה. אימתי, כשהוא תכלת, ועכשיו אין לנו אלא לבן שהתכלת נגנז".
לא ברור מתי בדיוק פסקה מצוות התכלת מישראל, ובחז"ל לא מצאנו הסבר ברור לכך. עם זאת, ישנן דעות שונות בנושא, כפי שמובא בספרי הרבי מראדזין, מחקרי הרב הרצוג, וספרי חוקרים אחרים. ברור כי במשך תקופת הגמרא הייתה התכלת מצוייה, כפי שנראה בגמרא (מנחות דף מג): "מר ממשכי אייתי תכלתא בשני רב אחאי". ככל הנראה, מדובר בתהליך הדרגתי, שבו הלך והתרקם הקושי להשיג את התכלת, עד שהיא נעלמה לחלוטין.
יש מקורות בחז"ל המצביעים על כך שהמלכות הרומית היא זו שגזרה על התכלת. במסכת סנהדרין (דף יב) נאמר: "שלחו ליה לרבא זוג בא מרקת, ותפשו נשר, ובידם דברים הנעשים בלוז, ומאי ניהו? תכלת". כאן יש רמז לכך שמלכות רומי, המכונה "נשר", התנכלה גם לתכלת.
הרמב"ן, בפירושו על התורה (שמות, פרק כ"ח, פסוק ב), מציין את הקשר בין התכלת לבין מלכות, וכותב כי אלה הבגדים לבושי מלכות הן, כדמותן ילבשו המלכים בזמן התורה, וכו'. והתכלת, גם היום, לא ירים איש את ידו ללבוש חוץ ממלך גוים. הדברים מקבלים אישוש גם ממקורות היסטוריים, ובמיוחד מספר חוקים עתיק של המלך יוסטיניאנוס, (הראשון, קיסר האימפריה הביזנטית) האוסר על לבישת בגדים העשויים מחילזון, הן ארגמן והן תכלת. נושא ‘התכלת’ בזמן הזה, רבו ענייניו, זה אומר בכה וזה אומר בכה ונהרא נהרא ופשטיה.