רבנו נולד בעיר ליסבון שבמדינת פורטוגל בסביבות קצ"ז, הוא נולד לאביו דו יהודה שהיה מיועציו הבכירים של המלך, בנו יצחק היה עוזר לו בעסקיו וכעבור זמן קצר נתמנה בעצמו להיות שר האוצר, המשים קדרו מעל לראשו עם מיתת המלך בשנת רמ"א יורש העצר שירש מקומו של המלך היה חשדן מטבעו ומיד חשד בכמה אצילים שזוממים לפתוח במרד נגדו, החדש נפל גם על מהר"י אברבנאל שנאלץ להימלט על נפשו וברח לטולידה שספרד, מיד כשר בא לחוף מבטחים שלך מהר"י מכתב למלך בו הוא מזים את החשדות נגדו, אך המלך נשאר בסירובו.
שמו של מהר"י הלך לפניו ובתוך ימים מאז שקבע מושבו בספרד ופרדיננד מלך ספרד הזמנו לשרת אצלו במשרת שר האוצר, מהר"י ניהל ביד רמה את כלל ענייני הממלכה, והביא ברכה לאוצר המלך, בין פעולותיו הברוכות מהר"י הילווה לאוצר המדינה סכומי עתק לצורכי המלחמה בגרנדה שנסתיימה בכיבוש גרנדה, בזמנו הוחלש משמעותית כח האינקוויזיציה בזמן גירוש היהודים מספרד, אף הצליח להעניק להם מאת המלך ארכה של חמשה חודשים עד לגירוש הסופי שחל כיודע ביום ט’ באב.
בזמן הגירוש הציע המלך פרדיננד למהר"י שיוכל להישאר בספרד, אבל מהר"י נאמן לעמו ואמר למלך, כי מקומו הוא אך ורק עם עמו והוא שותף לכל צרותיהם של אחיו היהודים, מהר"י אף התחנן אל המלך שיבטל את הגזרה והיה מוכן לוותר למלך על חוב ההלוואה שנתן לאוצר מלוכה במידה וגזרת הגירוש תבוטל. אך המלך לא ויתר.
על תגובתו ערלת הלב של המלך כתב מהר"י בהקדמתו לפירושו לספר מלכים, וכך כתב : וכמו פתן חרש יאטם וזנו, לא ישוב מפני כל"
שלוש פעמים נפגש מהר"י עם המלך התחנן והפציר לפניו שיחוס על היהודים ולא יגרש, פרדיננד בחר להתחמק ושלח את מהר"י שמוטב שידבר על כך עם המלכה איזבלה.
מהר"י לא אמר נואש ופנה אל המלכה בנפרד, אך איזבלה שהייתה דתית ואדוקה סירבה בכלל לדון עמו על כך, וגם ממנה לא חסך מהר"י את שבט לשונו ובהקדמה לספר מלכים גם כתב אודותיה: והמלכה עומדת על ימינו לשטנו, הטתו ברוב לקחה לעשות מעשהו.
באחד מספרי ההיסטוריונים הוסיפו לתאר את תחנוניו של מהר"י לפני המלכה:
אז נעמד הרב בגדלות נפשית כמו נביאי קדם והודיעה למלכה לה שאם יעלה על דעתה שאפשר לחסל את העם היהודי או להביא אותו לידי התנצרות היא טועה מאד, הוא אמר לה כי עם ישראל שרד וחי יותר מכל אותן האומות שנלחמו נגדו הוא הזכיר כי כל אלו שניסו להרוס את ישראל הביאו על עצמם עונש מן שמים החל פרעה מלך מצרים ואילך ובצאת מהר"י מספרד שלח מכתב למלכה בה התריע בה שהשי"ת יקח נקמת היהודים ממנה ומבני ביתה וכהנה רבות עמו והזכיר לה כל אותם שהרעו לישראל ובדורות שהיו אחריתם עדי אובד.
הרעשות של שלטי ספרד חומדי הון, אסרו על היהודים למכור את נכסיהם שבספרד ושיצאו מספרד היו ערומים מנכסיהם, מהר"י זכה לאישור מיוחד ויצא עם אלף דוקאטים זהב.
חלק נכבד מכתבו הקדיש מהר"י אברבנאל לחזק את אחיו היהודים וכפי שהיטב לתאר זאת ד"ר מרדכי מרגליות במאמרו על המהר"י:
גדול היה הייאוש שתקף את הגולים האומללים, שבדרכי נידודם השתרגו עליהם צרות רבות ואיומות, ורבים נפלו שדודים בדבר וברעב. ויש אשר מחמת הצרות רפו ידיהם ולא החזיקו מעמד ביהדותם, בהתגנב הספק ללבם אולי עזב ה' את עמו ואין לו תקומה עוד. על כן הפסיק מהר"י את מלאכתו בפירוש המקרא והקדיש את עטו לחזק רוח בני עמו באמונתם, ויעודדם לקוות לגאולה.
שלשה ספרים כתב מהר"י על נושא הגירוש ולכולם שם המשותף של ישועה. הספר הראשון 'מעיני הישועה' הוא פירוש לספר דניאל. הספר השני "ישועות משיחו' הוא פירוש המאמרים על המשיח והגאולה המובאים בתלמוד ומדרשים, בספר זה הוא מתווכח נמרצות עם ר' יוסף אלבו ("ספר העיקרים") על שלא מנה את אמונת המשיח בין עיקרי הדת. בספרו השלישי 'משמיע ישועה' הוא טורח להוכיח שבכל הנבואות שניבאו הנביאים על הגאולה לא נתכוונו לבנין בית שני אלא לגאולה העתידה.