במהלך אירוע בו השתתפו עשרות ראשי מועצות דתיות ונועד לחזק את ההתיישבות בשומרון, השמיע הרב אליקים לבנון ביקורת על הצעתו של סגן השר לשירותי דת אלי בן דהן לפיה רבני ערים ייתבקשו להחתים כרטיסים בכדי לדווח על שעות עבודתם.
"רבנים צריכים לעבוד מצאת החמה עד צאת הנשמה" אמר הרב לבנון ואמר כי הדבר אינו מתאים לאופי פעילותם של הרבנים. עם זאת, הרב לבנון הדגיש כי אכן ראוי שעבודתם של הרבנים תיבדק, כשהוא מציע הגשת דו"ח עצמאי מטעם הרבנים על עבודתם.
בנוסף, תקף הרב לבנון את כוונתה של שרת המשפטים ציפי לבני להקים בית דין משמעתי לרבני ערים: "ההכפפה של רבנים לשופט שאיננו מבין כהוא זה במערכת התורנית ולאפשר לו לשפוט אם רב פועל כראוי זה דבר שלא יעלה על הדעת. אפשר בהחלט לתת תפקיד כזה לדיין שמבין את המערכת התורנית" אמר.
במהלך הביקור בשומרון, ביקרו ראשי המועצות הדתיות בהר כביר, הר גריזים ובישיבה באלון מורה, שם גם ערכו שיחה עם הרב לבנון.
"דווקא בעת הזו בה נושבים רוחות רעות מגורמים שונים בעולם, עלינו להתחזק מבפנים ולחזק זה את זה. עם ישראל ידע תלאות קשות בכל שנות גלותו וגם לאחר עלייתו ארצה וצלח אותן בין השאר בשל יכולתו לעמוד כאיש אחד בעת צרה וצוקה" אמר לבאי הסיור ראש מועצת שומרון גרשון מסיקה.
"בעת הזו, בבואכם הנה לחזק את השומרון, אתם עושים את שידע עם ישראל לעשות במשך כל השנים להתחזק ולחזק את עצמו מבפנים כדי לעמוד איתן מול גורמים המבקשים לפגוע בו מבחוץ" הוסיף.