בניגוד לראש השנה, אז התפלל הגר"י קלמנוביץ, המזוהה כיום עם רבני "הפלג הירושלמי" במניין נפרד ולא בישיבת סלבודקא כפי שנהג בשנים עברו, הרי שאת תפילות יום הכיפורים עשה הרב קלמנוביץ במחיצת רבני ותלמידי ישיבת סלבודקא כמנהגו בכל השנים.
אחד מבניו טען כי "הסיבה שהוא נעדר בראש השנה היא עקב מצבו הבריאותי וללא שום קשר לדבר אחר. מכיון שביום כיפור הוא יישן בסמוך לישיבה - אז הגיע להתפלל כרגיל בישיבה".
מנגד, מקורבים אחרים מסבירים כי מלכתחילה היה הסדר לפיו בראש השנה יתפלל הרב קלמנוביץ בנפרד יחד עם תלמידיו המזוהים עם הפלג הירושלמי, ביניהם גם חזנים שפוטרו ממשרתם - אולם ביום כיפור הוא לא ויתר על מנהגו העתיק להסתופף בצילם של ראשי ישיבת סלבודקא והתלמידים.
בתוך כך, בישיבת סלבודקא הוחלפו החזנים הוותיקים במנחה ובנעילה. לתפילת מנחה ניגש השנה - במקום מנהל הישיבה הרב שולם פישר - מחליפו הרב צבי אפרים וייס. בתפילת נעילה - במקום הרב פנחס סגל - ניגש השנה הגרב"צ חדש, חתנו של הגרמ"ה הירש.