תחקיר שפורסם הבוקר (ראשון) בגלי צה"ל טוען כי ישנם מוסדות של חב"ד שמקבלים תקצוב כפול משני משרדי ממשלה למרות הבעייתיות שבעניין. על פי התחקיר בתי הספר החרדיים ממומנים על ידי משרד החינוך כמו בכל בית ספר, זאת לעומת הישיבות שממומנות על ידי משרד הדתות.
לפי משרד החינוך, תלמיד שרשום לבית ספר לא יכול להיות רשום במקביל לישיבה, אלא שברשת של חב"ד על פי הטענות - שלדברי עורכי התחקיר - אומתו במשרד החינוך, ישנם כמה מוסדות הנושאים את אותו השם, פעם אחת כבית ספר חרדי ופעם שנייה כישיבה.
על פי התחקיר, מתוך עשרה מוסדות השייכים לחב"ד שנבדקו, בשבעה מהם נמצא רישום או מימון כפול של תלמידים. 90 תלמידים נמצאו רשומים לשני מוסדות בו בזמן, ומתוכם 29 תלמידים גם קבלו כסף כפול - פעם אחת ממשרד החינוך ופעם שנייה ממשרד הדתות. שוב, מתוך עשרה מוסדות בלבד.
גם לטענת עורכי התחקיר מדובר בתופעה חריגה מאד, אפשר להבין את זה אולי מתוך ההתכתבות הפנימית הזו במשרד שמתייחסת למוסדות הללו: "מן הבדיקה עולה צורך דחוף בביצוע הסדרה בין מערכות המחשוב של משרד החינוך ומשרד הדתות. על אף שקיימות בדיקות, ככל הנראה ישנה תקלה בתיאום ביניהן שאפשרה את הכפילות".
ממשרד החינוך נמסר כי הנושא נבדק ומטופל על ידי הגורמים הרלוונטים, ובכל אופן יפעלו במידת הצורך לקיזוז כספי של התקצוב.
בחב"ד מסרו בתגובה כי "המידע בנושא תקצוב המוסדות שגוי במקרה הטוב או מעוות בזדון במקרה הפחות טוב. ברשימת הישיבות שקבלו כביכול תקציב כפול מופיעים מוסדות שכלל לא רשומים באגף הישיבות, וממילא הטענה מופרכת. המנהלים אומרים כי לא היו הדברים מעולם. מדובר בהשמצה ללא בסיס".