המשנה למנכ"ל משרד מבקר המדינה, הודח מתפקידו כממונה על פרויקט בניית בית המבקר החדש, לאחר שטען כי המבקר לא מתנהל לפי כללי המנהל התקין וקיים ניגוד עניינים בין המבקר לאחד ממנהלי החברה שזכתה במכרז.
בגלי צה"ל נחשף הבוקר (ראשון) לראשונה, כי בין שמואל יונס, המשנה למנכ"ל משרד מבקר המדינה, לבין מבקר המדינה יוסף שפירא, התנהלו חילופי דברים קשים, בהם האשים יונס את המבקר כי הוא מכיר באופן אישי את אחד ממנהלי החברה שזכתה במכרז לבניית המשרדים החדשים ובית המבקר.
יונס טען כי הקשר החברי בין המבקר למנהל החברה, פוגע בהתנהלות התקינה של המשרד ולכן הוא דורש לבטל את המכרז. לפי יונס, עיקר הבעייתיות נעוצה בכך שלחברה מטעם המדינה, האחראית על הפיקוח על הפרויקט, ישנה בעלות משותפת על חברה אחרת, יחד עם החברה שזכתה במכרז.
התכתבות ארוכה בין יונס למבקר שפירא מעידה כי לכאורה, אכן קיים קשר חברי בין המבקר לאחד ממנהלי החברה. המבקר מצידו, דוחה את הטענות נגדו ואומר כי הקשר היחיד בינו לבין מנהל החברה היה לפני 25 שנה כאשר סייע לו לרכוש דירה.
בעקבות טענתו, הודח יונס מטיפול בנושא. המבקר שפירא אף תקף את יונס עצמו ואמר כי "שיטת העבודה" שלו היא "להגיד 'לא' לכל דבר, וכך לעכב כל דבר ללא סיבה הנראית לעין או מציאת תקלות שבדיעבד נראות כי הושתלו מראש. לצערי, עוד בטרם נכנסתי לתפקידי שמעתי דעות קשות עליך מגורמים שונים, אולם כאשר פגשתיך לראשונה אמרתי לך שאני מתחיל מדף חלק". המבקר מוסיף כי כנראה טעה בבחירתו ביונס וכי עכשיו הוא מכה על חטא.
בין עובדי משרד המבקר לא חוסכים ביקורת נגד יונס ובמכתב אנונימי שהופץ במשרד נכתב: "התעוררו. מדובר ברעידת אדמה אמיתית. הבית בוער. יונס, רק תדע שנמאסת. חשבת שקיבלת מבקר ג'ינג'י נמושה, וקיבלת - איזה כיף לנו - אריה שואג שעוד כמה רגעים טורף אותך בלי מלח. בתיאבון שפירא, תשאיר לנו איזה עצם".
דובר משרד מבקר המדינה סרב להגיב לדברים.