המרדכי במסכת שבת (פרק א אות רכח) מביא את שיטת רבינו מאיר הסובר כי אין איסור גמור לעשות שימוש בעליה הבנויה מעל בית הכנסת וזאת משום שקדושת בית כנסת נלמדת מקדושת בית המקדש ומאחר שבבית המקדש העליות והגג של העזרה לא התקדשו הרי שגם בבית הכנסת העליה הבנויה מעל בית הכנסת איננה קדושה בקדושת בית הכנסת.
למרות האמור כתב המרדכי כי ההיתר לעשות שימוש בעליה הבנויה מעל בית הכנסת הינו מוגבל רק לשימוש עראי ושאין בו גנאי וזאת משום שהגמרא במסכת פסחים (פו ע"א) אומרת כי על אף שהעליות שבבית המקדש אינן קדושות כמו העזרה, אך בוודאי שיש בהן קדושה קלה ואין לעשות בהן מנהג שיש בו ביזיון.
דין זה נפסק להלכה בשולחן ערוך (או"ח סימן קנא סעיף יב) "יש ליזהר מלהשתמש בעליה שעל גבי בית הכנסת תשמיש קבוע של גנאי, כגון לשכב שם; ושאר תשמישים יש להסתפק אם מותר להשתמש שם. הגה: וכל זה דוקא בבית כנסת קבוע, שנבנה מתחלה לכך, אבל בית שיחדו לאחר שנבנה לבית הכנסת מותר לשכב עליו (פסקי מהרי"א)."
על דברי הרמ"א בהגהה כי בית שנבנה לצורך מגורים ורק לאחר מכן ייחדו אותו לשמש כבית כנסת הרי שאין איסור לעשות בגגו שימוש קבוע, כתב הט"ז (סי' קנא סע"ק ד) כי אומנם במקרה זה יהיה מותר לעשות שימוש בקומה שמעל בית הכנסת אך בוודאי שאין לעשות בקומה העליונה שימוש של ביזיון שכן שימוש המבזה שנעשה מעל בית הכנסת גורם לתפילה שלא תעלה ולא תתקבל וכפי שנפסק להלכה בשולחן ערוך (או"ח סי' נה סעי' כ) בהמשך דבריו כתב הט"ז כי הוא בעצמו התגורר מעל בית כנסת וכי הוא תולה ייסורים שעבר כעונש משמיים על מגוריו מעל בית הכנסת עיי"ש בדבריו וכן ראה אזהרת הכנסת הגדולה בעניין זה (כנסת הגדולה בהגהות בית יוסף אורח חיים סימן קנא).
אומנם כמובא לעיל מפסק השולחן ערוך, קיים היתר לעשות שימוש ארעי בעליה הבנויה מעל בית הכנסת, אך שימוש זה מוגבל רק לשטח שמעל בית הכנסת אבל באזור המצוי מעל לארון הקודש הרי שאין היתר לעשות שימוש ואף לא שימוש ארעי .
דין זה מקורו בתשובה לשואל המובאת בשו"ת פאר הדור להרמב"ם (סימן ע"ד) "בעליה אשר על בהכנ"ס ובה צד אחד מכוון על ההיכל אשר בו ספרי תורה המקודשים, אם מותר לדור בבית זה, ואם תמצא לומר שבכל הבית אשר הוא על בהכנ"ס יכול לדור, אך הצד אשר הוא מכוון על ההיכל מה דינו, ואם יכול לעשות מלאכתו אם לא, יורנו מורה צדק ויבוא שכמ"ה. תשובה, יכול לדור בבית אבל המקום אשר על ההיכל לא, ואינו יכול לישן שם ולא להניח כלי מלאכתו, אבל בשאר הבית יעשה כרצונו." ועיין במשנה ברורה (סי' קנא סע"ק מ) שכתב כי המקור לאיסור עשיית שימוש בשטח המצוי מעל לארון הקודש מקורו הוא בדברי הרמב"ם הנ"ל בשו"ת פאר הדור.
לאור האמור עולה כי לכתחילה אין לעשות שימוש בחדר אירוח הבנוי מעל בית הכנסת במבנה בית המלון ובוודאי שבאזור המצוי מעל ארון הקודש הרי שאין לעשות בו כל שימוש.
חדר שיוחד לבית כנסת לתקופת זמן קצובה כגון לתקופת החגים או בין הזמנים וכדומה
כתב הבית יוסף (או"ח סי' קנא ד"ה והמרדכי) כי חדר או מבנה שייחדו אותו לתקופת זמן קצובה הרי שהחדר או המבנה אינם מתקדשים בקדושת בית הכנסת ומותר לעשות במקום שימוש של אכילה וכדומה. לאור דברי הבית יוסף כתב המשנה ברורה (סי' קנג סע"ק נא) כי בית שמייחדים אותו לבית הכנסת לתקופת היריד כפי שהיה נהוג בזמנם, הרי שבית זה אינו מתקדש בקדושה של בית כנסת ומותרים בו אכילה ושתיה.
למרות ההיתר האמור לעשות שימוש של אכילה ושתיה בבית כנסת שייחדו אותו לתקופת זמן קצובה, כתב הביאור הלכה (סי' קנא ד"ה להשתמש בו) כי בתקופה שהחדר או המבנה משמשים כבית כנסת זמני, אין לנהוג בהם קלות ראש או חלילה שחוק והיתול.
לאור האמור כתבו הפוסקים (פסקי תשובות סימן קנא אות כב) , כי חדר או מבנה שייחדו אותם לבית כנסת ולמקום תורה למשך תקופת זמן קצובה, הרי שיהיה מותר לעשות בקומה שמעליהם שימוש של שינה אך מעל המיקום של ארון הקודש בוודאי שיהיה אסור לעשות שימוש של גנאי כגון חדר רחצה וכדומה או שימוש של שינה שכן אזור ההיכל הכולל את ארון הקודש הרי שהוא חולק קדושה לעצמו מכוח ספרי התורה וארון הקודש וממילא ששימוש של גנאי מעל שטח זה נכלל באזהרת הט"ז באיסור עשיית השימוש בו ובאזהרת הט"ז כי יש בשימוש הגנאי יש כדי לעכב את תפילת המתפללים בבית הכנסת או החדר הנ"ל מלעלות ולהתקבל חלילה.
סיכום
לאור האמור עולה כי חדר או מבנה המשמשים כבית הכנסת וכמקום תורה אין לעשות מעליהם שימוש של אירוח מלונאי ובוודאי שאין היתר לעשות שימוש מעל שטח ארון הקודש.
במקרה בו ייחדו מקום זמני לתפילה ותורה וכגון שייחדו חדר לתקפות האירוח בחג או בין הזמנים וכדומה הרי שלכאורה יהיה היתר לעשות שימוש של שינה מעל שטח החדר אך אין שום היתר לעשות שימוש מעל שטח ארון הקודש.
ולעניין חדר או מבנה שייחדו אותם לבית כנסת או לבית מדרש אך בעת הייחוד עשו תנאי כי על המקום לא חלה קדושת בית הכנסת, עי' בדברי הפוסקים באשל אברהם סי' קנא, שו"ת שבט הלוי ח"ה סי' יח, תשובות והנהגות ח"א סי' קסה ובשו"ת להורות נתן ח"א סי' ח ו-ט.