נפסק להלכה בשולחן ערוך (או"ח סימן קנ סעיף א) כי יש לבנות את בית הכנסת במקום הגבוה ביותר של העיר ומבואר בבית יוסף כי מקור פסק השולחן ערוך הוא בדברי התוספתא במסכת מגילה הלומדת מהפסוק "בראש הומיות תקרא" (משלי א פסוק כא) כי יש לבנות את בית הכנסת בראש הומיות, קרי במקום הגובה ביותר שבעיר.
דין נוסף לעניין גובה בית הכנסת מובא בגמרא במסכת שבת (יא ע"א) "ואמר רבא בר מחסיא אמר רב חמא בר גוריא אמר רב: כל עיר שגגותיה גבוהין מבית הכנסת לסוף חרבה, שנאמר לרומם את בית אלהינו ולהעמיד את חרבותיו. והני מילי - בבתים אבל בקשקושי ואברורי - לית לן בה. אמר רב אשי: אנא עבדי למתא מחסיא דלא חרבה. - והא חרבה! - מאותו עון לא חרבה."
מדברי הגמרא עולה כי יש איסור להגביה גג מבנה מגורים מעל גובה מבנה בית הכנסת, אך איסור זה מתייחס רק למבני מגורים והוא אינו מתייחס למבנים שאינם בייעוד למגורים ובלשון הגמרא מבנים המוגדרים "כקשקושי ואברורי" ניתן להגביה אותם מעל גובה גג בית הכנסת. דין זה נפסק להלכה בשו"ע או"ח סימן קנ סעיף ב.
נחלקו הראשונים מהם המבנים המוגדרים "קשקושי ואברורי" רש"י (ד"ה קשקושי) ע"פ הגליון מבאר כי קשקושי ואברורי הם מבנים שנועדו לנוי ויופי של הבניין. בדומה לשיטת רש"י מבואר ביעב"ץ (ד"ה בקשקושי) כי קשקושי הוא מבנה שבו מותקן פעמון כדי להשמיע צלצול בכל שעה או בעת האסף העם.
המאירי ( שבת יא ע"א ד"ה לעולם )מסכים לשיטת רש"י כי קשקושי ואברורי הם אינם בתים המיועדים למגורים אך הוא מפרש כי אלו מבנים שנועדו לחיזוק וביצור העיר ובכלל זאת מבנים גבוהים המשמשים כמגדלי שמירה.
מביאור הראשונים עולה כי המבנים המוגדרים כקשקושי ואברורי הם אינם נכללים באיסור הגבהת גגות העיר מעל גובה גג בית הכנסת משום שהם אינם מבנים המיועדים למגורים, אלא ייעודם הוא לצרכי ביטחון או לצרכי נוי ויופי וממילא עולה המסקנה כי מבנים המיועדים למגורים אין לכאורה כל היתר לבנותם מעל גובה גג בית הכנסת.
נוכח האמור עולה השאלה כיצד בימנו נוהגים לבנות בנייני מגורים המתנשאים לגובה רב מעל גגות מבני בתי הכנסת המצויים.
ולביאור הדברים נראה לומר כי נחלקו הראשונים מהו טעם האיסור להגביה את בתי העיר מעל בית הכנסת. שיטת הרא"ש (שבת פ"א סי' כג) וכן שיטת המאירי (שבת דף יא ד"ה לעולם) כי בהגבהת בתי המגורים מעל בית הכנסת וכן בעשיית שימושים מעל גובה בית הכנסת יש כדי לבזות את בית הכנסת ולכן המבנים המוגדרים כקשקושי ואברורי שנועדו לשימושי הגנה וביטחון שימושי לשמירת העיר הרי שאין בהם ביזיון לבית הכנסת וניתן להגביה אותם מעל לבית הכנסת.
שיטת הרמב"ם (פרק יא מהלכות תפילה הלכה ב) על פי הבנת הערוך השולחן (או"ח סי' קנ סע"ק ה) כי האיסור להגביה את בתי העיר מעל בית הכנסת נובע מהמצווה והחובה לכבד את בית כנסת וממילא שמבנה בית הכנסת צריך להיות הגבוה והניכר ביותר בעיר כיאות למבנה המכובד של העיר.
לאור הסבר זה מבאר הערוך השולחן כי לשיטת הרמב"ם יש להסביר שההיתר לבניית קשקושי ואברורי מתייחס לחומת העיר עצמה שאין היא מוגדרת כמבנה או בית וממילא שאין בהגבהתה לפגוע בכבוד בית הכנסת.
מן האמור ניתן לטעון כי לשיטת הרא"ש הסובר שבהגבהת בתי העיר מעל בית הכנסת יש כדי לבזות את בית הכנסת ומנגד המבנים המוגדרים כקשקושי ואברורי שיש בהם צורך מוגדר והם נועדו לשמירה אין בהגבהתם מעל בית הכנסת משום בזיון, הרי שעולה המסקנה כי בנייני מגורים גבוהים שנועדו לצורך העיר שכן באמצעותם ניתן לאפשר מגורים בעיר, הרי שאין בהגבהתם מעל בית הכנסת כדי לבזותו כי מטרת הגבהתם נועדה לצורך מוגדר של העיר.
סברה זו כאמור יכולה לעלות יפה מדברי הרא"ש, והיא מקבלת אף חיזוק שכן סברה זו מבוארת באופן מפורש במאירי הסובר כשיטת הרא"ש שאיסור הגבהת בתי העיר נובע מהאיסור לבזות את בית הכנסת: "אבל בירניות ומגדלים העשויים לחזוק העיר או הבית ולבצור חומה והם הנקראים קושקי ואברורי אין בזה מניעה כלל וכן הדין בשסבת הגבהתו אינה דרך שררה אלא להרבות בדיורין ועליות."
לאור האמור, מצינו הסבר למנהג ימנו להגביה את בתי העיר מעל בית הכנסת וזאת משום שכיום צורת החיים העירונית מחייבת בניה לגובה צורך והיא הנותנת את האפשרות להתגורר בערים וממילא שמבני מגורים גבוהים הינם צורך השעה והעיר ואין לראות בבנייתם כביזוי חלילה בית הכנסת.
הסבר נוסף למנהג המקובל כיום בבניית מבני מגורים גבוהים כתב הפסקי תשובות (אורח חיים סימן קנ אות ז) כי הגבהת בית הכנסת מעל בתי העיר נועדה לשם יופי והדר ולכבד את בית הכנסת וממילא בזמננו שאין היופי וההדר נמדדים לפי לגובה המבנה אלא בעיקר בחזותו החיצונית, הרי שיש לפאר את בית הכנסת גם ביופי והדר חיצוניים ובכך לקיים את דברי הפסוק "לרומם את בית אלוקינו" ולכאורה נראה כי טעם זה יכול להתיישב עם סברת הרמב"ם שהחובה להגביה את בית הכנסת מעל בתי העיר עניינה הוא קיום המצווה לכבד את בית הכנסת.
לאור האמור הרי שמצינו טעם להתיר בניית בנייני מגורים המתנשאים מעל גובה בתי הכנסת בעיר, הן לשיטת הרא"ש והמאירי והן לשיטת הרמב"ם.