רבנו נולד בעיר נסכיז' שבאוקראינה, בשנת תק"ח, הוא בנו של הרבני המפואר ר' דוב בער ז"ל, שהיה ספרא רבה בועד ארבע ארצות. מגע אראלים ותרשישים היה רבנו, ביניהם הגה"ק ר' לייביש שפירא זצ"ל אב"ד נעשכיז, הרה"ק ר' ישעי' מקראקא זצוק"ל, והרה"ק בעל מגלה עמוקות.
בבואו לפרקו נישא רבי מרדכי לבת הרבני המפואר ר' יוסף מלעשנוב ז"ל, חתנו של הגה"צ ר' יעקב זצ"ל אב"ד לודמיר. לאחר נישואיו, שקד רבינו על לימוד התורה ועבודת השם בבית חותנו בלעשנוב. כעבור זמן, נתמנה לשמש כאבדק"ק העיר לעשנוב, ובהמשך נקרא לכהן כרב ואב"ד בעיר קאוולא. בסופו של דבר, שב רבי מרדכי לעיר מולדתו נעשכיז ועלה על כסא הרבנות במקום זקינו הגה"ק ר' לייביש שפירא זצ"ל, ועל שמו נקראה העיר עד היום.
רבינו היה תלמיד מובהק של הרה"ק הרבי ר' מיכל המגיד מזלאטשוב זיע"א, וממנו ספג את דרכו הייחודית בעבודת השי"ת. יחד עם זאת, נודע רבי מרדכי בגאונותו העצומה גם בתורה הנגלה. הוא היה מומחה גדול בהיתר עגונות, ומרחבי תבל נהרו אליו בנות ישראל האומללות כדי שיפטור אותן מכבלי עגינותן. רבים באו לשמוע מפיו דברי תורה ולקבל הדרכה בעבודת השם. גם אנשים פשוטים, נשים וילדים, נהרו אל רבינו כדי להתברך מפיו בעת צרה ומצוקה, והוא נענה לבקשותיהם והרעיף עליהם מברכותיו.
אחד הסיפורים המופלאים על מידת חסדו העצומה של רבי מרדכי הוא המעשה 'בסוס של חג הסוכות'. רבי מרדכי, שעסק במסחר לפרנסתו, נהג בכל שנה לאסוף בדבקות סכום כסף לרכישת אתרוג מהודר לחג הסוכות. פעם אחת, לאחר שהצליח לגייס את הכסף המיועד, פגש בדרכו שואב מים שיושב ובוכה מפני שסוסו מת ואין לו אפשרות להתפרנס. בלי היסוס הוציא רבי מרדכי את כל כספו ונתן אותו לשואב המים כדי שיוכל לקנות סוס חדש. כששאלו אותו סובביו על מצוות האתרוג, השיב בפשטות עמוקה: "נענוע לולב הוא מצוות עשה מהתורה, ולעזור ליהודי – גם זו מצוות עשה מהתורה. כל העולם כולו ינענע בלולב, ואני – אנענע עם הסוס.".
אמר הרה"ק מנעשכיז סגולה לביטול דינים: "מי ימלל גבורות ה' ישמיע כל תהילתו" – 'ימלל' מלשון 'מוללין מלילות' – ריסוק הדינים. ובאיזו דרך? על ידי אמירת כל ספר תהילים – וכך ניתן לבטל כל דין.
החוזה מלובלין העיד שבשמיים מכריזים על רבי מרדכי מנעשכיז: "מרדכי בן גיטל הוא בלתי לה' לבדו" – כולו קודש. וכן אמרו צדיקים כי אמירת שמו – "מרדכי בן גיטל" – מסוגלת לכל דבר טוב.
וכן מספרים שבאחד מראשי השנה, כאשר המתפללים התכוננו לסעודה לאחר התפילה, נחלש אחד המתפללים באמצע מוסף וביקש לטעום. השמש סירב לבקשתו, אך רבי מרדכי בעצמו הפסיק את תפילתו, ביקש את המפתח, קידש והאכיל את האיש. לאחר מכן גער בשמש ואמר: "יהודי שמבקש – אין מסרבים לו. בזכות הרחמנות הזו, עוררתי רחמי שמיים על כלל ישראל".
ביום ח' ניסן שנת תק"ס לפ"ק, בהיותו בן נ"ב שנים, עלתה נשמתו הטהורה של רבי מרדכי לישיבה של מעלה ומקום מנוחתו באוהל מיוחד בנעשכיז. זכותו תגן עלינו.