רבי יוסף שאול הלוי נתנזון נולד בשנת ה'תק"ע בבז'ז'ני שבגליציה. הוא היה בנו הבכור של רבי אריה לייביש נתנזון, מחבר הספר "בית א-ל", ואמו הייתה בתם של הרב דב בעריש הלפרין ומרים, שהייתה בתו של רבי מרדכי זאב אורנשטיין, רבה של למברג (לבוב).
בשנת ה'תקפ"ה, נשא לאישה את בת דודתו מצד אמו, הרב יצחק אהרן הלוי איטינגא, שהיה חתנו של סבו, רבי מרדכי זאב אורנשטיין. לאחר נישואיו התגורר בלמברג ולמד עם גיסו, רבי מרדכי זאב איטינגא.
בשנת ה'תרי"ז, התמנה רבי יוסף שאול נתנזון לרבה של למברג. הוא נודע במהרה כאחד מגדולי ההלכה בדורו בזכות בקיאותו העצומה בתלמוד ובספרי הפוסקים. כרב, הוא לא הסתפק בפסיקה הלכתית בלבד, אלא גם עסק רבות במעשי צדקה וחסד, ואף ייסד בית תבשיל בעיר בו נהג לסעוד לעיתים עם העניים. הוא גם בחר שלא לקבל משכורת מהקהילה עבור משרת הרבנות, כיוון שהיה לו הון פרטי.
בשנת ה'תרי"ח, עורר הרב נתנזון פולמוס סביב מתן הכשר למכונה להכנת מצות. מתנגדיו פרסמו כתבי פלסתר בטענה שגרם לציבור לאכול חמץ בפסח. בשנת ה'תרי"ג, התמודד עם פרשייה מצערת של תקיפות מיניות שביצע מלמד בתלמידיו הקטנים, ותשובתו ההלכתית דרשה בתוקף את העברתו מתפקידו למרות שלא היו שני עדים כשרים, מה שנחשב לאבן דרך בהתייחסות ההלכתית לנושא זה.
הרב נתנזון חיבר ספרים רבים, ביניהם סדרת השו"ת החשובה "שואל ומשיב", שזכתה למעמד הלכתי מרכזי. הוא גם חיבר ספרים על התנ"ך, השולחן ערוך והמשנה. בין פסקיו ההלכתיים המפורסמים ניתן למנות את ההיתר להשתמש בשעון שמדליק נר באופן אוטומטי בשבת, המשמש בסיס לשעון השבת, וכן את ההיתר להדליק אש ביום טוב באמצעות גפרור. למרות שלא השתייך לחסידות, היו לו יחסים טובים עם אדמו"רים והוא אף העניק הסכמות לספרים חסידיים.
רבי יוסף שאול נתנזון נפטר בליל יום חמישי, כ"ז באדר א' ה'תרל"ה.
המריבות על הנוסח והפרשה של בעל ‘השואל ומשיב’
בחורף שנת תרס"ז או תרס"ח התקיים מקרה מעניין בעיר ברעזאן. שליחים מבית כנסת בהמבורג הגיעו אל רבי שלום מרדכי שבדרון, המהרש"ם, כדי לדון בשאלה שהתעוררה ביניהם: האם להתפלל בנוסח אשכנז או בנוסח ספרד?
בית הכנסת הוקם על ידי יהודים יראי שמיים שהגיעו מהונגריה, גליציה, פולין ורוסיה, ובמשך עשרות שנים נהגו להתפלל בנוסח אשכנז. אולם, עם הזמן התרבו בקהילה חסידים שהגיעו מגליציה ומפולין, והם דרשו לשנות את נוסח התפילה. מחלוקת זו הובילה את הצדדים לפנות אל המהרש"ם כדי שיכריע בסוגיה.
המהרש"ם, לאחר ששמע את טענות שני הצדדים, פתח ואמר: "תודה להשם יתברך שאחינו בהמבורג מדיינים על נוסח התפילה – זה סימן שכולם יראי ה'!" לאחר מכן סיפר סיפור על הגאון רבי יוסף שאול נתנזון, בעל ה"שואל ומשיב".
רבי יוסף שאול נהג לשהות בקיץ בעיר סקוליה, המוקפת בהרי הקרפטים. בעיר היו כמה בתי כנסת שהתפללו כולם בנוסח ספרד. בקיץ היו מגיעים למקום יהודים רבים מלבוב, שהיו רובם ככולם מתפללי נוסח אשכנז. באחת השבתות, כאשר שליח הציבור אמר "ויצמח פורקניה" בקדיש, אנשי לבוב מחו על כך בקול רם. רבי יוסף שאול השתיק אותם בתנועת ידו, אך כשהגיעו לקטע "כגונא", שוב החלו אנשי לבוב לקרוא בקול "במה מדליקין", כמנהגם. אנשי סקוליה זעקו שהם בעלי הבית במקום, ואילו אנשי לבוב השיבו כי בזכותם, המגיעים לשם בקיץ, מתפרנסים תושבי העיר כל השנה.
רבי יוסף שאול נתנזון פנה אליהם ואמר: "השטן רואה אתכם מתפללים בכוונה, ולכן הוא מחפש דרך לעורר מחלוקת ביניכם. הוא מייעץ לאנשי לבוב לומר 'במה מדליקין' כדי להצית אש מחלוקת, ולתושבי סקוליה לומר 'כגונא' כדי להשיב מלחמה. אבל רבותיי, לא לכך התכוונו חכמינו שחיברו את התפילות!"
הוא המשיך ואמר: "אם משיח יגיד 'כגונא', נאמר כולנו יחד 'כגונא' באחדות, ואם יאמר 'במה מדליקין', נגיד גם אנו – אך לא מחלוקת, אלא באש של אהבת ישראל!"
דבריו עוררו רושם רב, והקהל הסכים שהעיקר הוא כוונת הלב ולא הנוסח. לאחר מכן פסק הלכה ואמר: "מי שבא לעיר עם נוסח שונה, יכול לומר את קטעי תפילתו בלחש. אני בעצמי אומר בסקוליה 'במה מדליקין' בלחש – ומה בכך? אם ינהג כל אחד כך, לא תהיה מחלוקת והשטן יתפקע!"
בהשראת הסיפור, הציע המהרש"ם לתושבי המבורג פתרון דומה: לקיים שני מניינים – האשכנזים יסיימו את תפילת שחרית עד השעה העשירית, ולאחר מכן יתחילו החסידים, ובלבד שיהיה שלום ביניהם. במנחה, הציע פתרון דיפלומטי כמו זה של רבי יוסף שאול.
לאחר ההכרעה, אחד הנציגים האשכנזים פנה למי שנכח בדיון ואמר בהתרגשות: "ממש חכמת שלמה!"