התשובה מורכבת מארבעה עיקרים ידועים, עזיבת החטא, וידוי, חרטה, קבלה לעתיד. אבל מלבד שלבים אלו הנוגעים לצורת התשובה ישנם שלושה שלבים, 'שלושת המערכות', אותן אדם חווה ככל שהוא מעמיק את התשובה בחייו.
את 'שלושת המערכות' ניסח הראי''ה קוק בספרו אורות התשובה (פרק א') בו מאריך הראי''ה ומציג בניין הבנוי לתלפיות של דרך התשובה. רעיון זה הוא מיסודות התשובה והראשון שבהם.
למעשה התשובה מתחלקת לשלוש מערכות, המערכה הראשונה היא התשובה הטבעית, השניה תשובה אמונית והשלישית שכלית.
התשובה הטבעית מתחלקת לשני חלקים, תשובה גופנית ותשובה נפשית. את התשובה הטבעית אדם עושה כנגד עברות 'נגד חוקי הטבע, המוסר והתורה'. בתוך התשובה הזו נכללת גם הנהגת הגוף על פי הבריאות שנפגעת כשהאדם לא שומר על בריאות גופו שזה למעשה 'חוקי הטבע' ומוסיף הראי''ה כי אף חוקי התורה והמוסר כל שלא שומר אותם יכול לגרום לפגיעה בגופו (הראי''ה מציין כי הרפואה של ימינו השיגה הרבה ברפואתו של הגוף אבל 'לא נשתכללה כפי הנראה עדיין לגמרי עבודה גדולה זו').
החלק השני בתשובה הטבעית הוא החלק הנפשי והרוחני, מה שנקרא 'מוסר כליות', המצפון הפנימי של האדם שמצער אותו כשהוא נכשל בדבר שהוא מרגיש שלא היה צריך לעשותו. חלק זה הוא מורכב בגלל שהוא תלוי בתנאים רבים, פנימיים וחיצוניים שיש בהם הרבה מקום לטעות, שכן ישנן תמיד מורכבויות והאדם לא תמיד יודע מהו הדבר הנכון לעשות וממה עדיף להימנע.
המערכה השניה היא התשובה האמונית, חלק זה הוא 'ממקור המסורת והדת' ועוסק בתשובה מתוך חשש מעונש או מתוך רצון לעשות את מה שנדרש גם ללא הבנה עמוקה. היא התשובה שהאדם עושה כנגד חטאיו, חטאים שהם איסורי תורה ושאי אפשר למלאות חסרונם, שכן עבירה שאדם עבר או מצווה שאדם לא קיים היא 'מעוות לא יוכל לתקון וחיסרון לא יוכל להימנות', ושם תהיה התשובה כפי שהיא ידועה לנו מדברי הנביאים ובה אנו עוסקים בימים נוראים.
המערכה השלישית היא התשובה השכלית, תשובה שהיא 'המדרגה העליונה' שלא עוסקת בשינוי גופני או נפשי או ב'תשובה על פי המסורה' אלא היא נובעת מהתרוממות של אדם והיא 'מהפכת כל החטאים לזכויות' ומביאה ל'עליות נהדרות', היא התשובה השלימה שאליה 'עיני כולם נשואות', תשובה זו סופה לבוא בימות המשיח וגם מי שלא זכה לה מעצמו יזכה בה כשיערו עליו רוח ממרום.
למעשה, ניסח הראי''ה במערכות הללו את 'סור מרע' ואת 'התשובה מיראה ותשובה מאהבה', אך בשפתו שלו בציג את הדברים בצורה מעוררת לבבות לתשובה.