בתום סאגה ממושכת החליט הרמטכ"ל להעביר את ענף התודעה היהודית בצה"ל לאגף כוח אדם ולהקים ועדה שבה יהיה חבר קצין הרבנות הצבאית. החלטה זו עדיין גורמת לביקורת בקרב רבנים שטוענים כי בכך "ביזה הרמטכ"ל את ענף היהדות".
מאות רבנים הנמנים על ארגון "דרך אמונה" שיגרו מכתב לראש הממשלה בו הם מבקשים ממנו להשאיר את הענף בידי הרבנות הצבאית. בפתח המכתב ציינו הרבנים כי "בתקופה האחרונה נשמעים קולות רבים הקוראים למקבלי ההחלטות לפעול נגד הפגיעה הצפויה ברבנות הצבאית, מתוך הבנה כי אין בתהליך רצון אמיתי להתייעלות המערכת, אלא רק לפגיעה במעמדה ובכוחה של הרבנות הצבאית והשפעתה בתוך הצבא".
"כפי שמשפחה אינה יכולה להתקיים ללא אהבה, וכפי שחברה אינה יכולה להתקיים ללא אידיאל מאחד, כך צבא אינו יכול להתקיים כראוי ללא רוח יהודית. הרי ללא נשמה, כל גוף קמל. ובהיות נשמה, כל גוף פורח. החייל בשטח רוצה לזכור את המשמעות של מעשיו. הוא רוצה לחוש חלק מצבא גדול בעל רוח גדולה, רוח של גבורה ודבקות", הסבירו הרבנים.
הם מתייחסים להחלטה ואמרים כי "רוח לאומית-מוסרית ויהודית זו, נבנית על ידי החיבור החיוני בין חיל החינוך, והרבנות הצבאית. אלו המח והלב אשר מכוננים בחיילים רוח של מוסר וגבורה, הנובעים מהחיבור הטבעי והעמוק ליהדותנו".
בסיום המכתב קראו הרבנים למנוע את העברת הענף מהרבנות: "אנו קוראים לכבודו, כמפקד העליון של הצבא, לחזק את הרבנות הצבאית הראשית, לעמוד לימינה, ולדחות על הסף כל ניסיון פגיעה בה. לדעתנו הדבר חיוני מאין כמותו שענף התודעה היהודית יישאר במקומו הטבעי והמוצלח, ברבנות הצבאית. המלחמות האחרונות, וגם ימי השגרה, הוכיחו כמה חיונית הפעילות של ענף זה ואת המקצועיות והרצינות שבה הדבר מנוהל ברבנות הצבאית, עם הרגישות לכל החיילים, כולל אלו אשר אינם שייכים לעם היהודי ולוקחים חלק במסגרת הצבאית".
בשיחה עם "כיכר השבת" הסביר הרב ברוך אפרתי מרבני ארגון את מהות הבעיה "כמו שרק רופא יכול לטפל בחולה כך גם בנושא יהדות מי שיכול לטפל הם הרבנים ולא עוד קצין מאגף כוח אדם שהוא לא רב. היהדות כוללת בתוכה ערכים צבאיים, זאת אומרת שהיא לא רק כשרות. כמו שהראשון לציון הרב יוסף אמר שהמדינה היא קודם כל יהודית ואחר דמוקרטית", הוסיף.
הרב הסביר עוד כי "חיילים הולכים ומסכנים את עצמם על מדינת ישראל במלחמה ומה הדבר הרוחני שהצבא משדר לו? שמע ישראל. כשאתה יוצא למלחמה הוא משדר דבקות בעם ישראל, או שהוא משדר אמירה כללית? זו הנקודה. ברגע שהם מעבירים את הענף מהרבנות הם אומרים בעצם שנושא היהדות הוא בכלל אזרחי. דווקא בצבא צריך להדגיש את מסירות הנפש ולהגיד שבגללה נלחמים".