המהומות בהר הבית, ובפרט במסגד אל-אקצא, מטלטלות את הפוליטיקה הישראלית ואת יחסיה המדיניים של ישראל עם מדינות ערב הסובבות: אחרי האשמת ישראל בפגיעה בסטטוס קוו ובזכויות המוסלמים במתחם, ירדן התבטאה בצורה חריגה נגד ישראל, כולל המלך וראש הממשלה, וכן עם מדינות אחרות.
אחרי הטלטלות הללו, שתפסו את ירושלים בהפתעה, משרד החוץ קיבל הפתעה נוספת, כאשר מועצת הביטחון של האו"ם הודיעה כי תקיים מחר (שלישי) דיון סגור ללא תקשורת על המהומות בהר הבית. ההחלטה על קיום הדיון הגיעה לאחר בקשת צרפת, איחוד האמירויות, נורווגיה ואירלנד.
משרד החוץ בירושלים פרסם הודעת גינוי לירדנים, אך לא הזמינו את השגריר הירדני לשיחת נזיפה: "זימונו של סגן השגריר הישראלי למשרד החוץ הירדני והודעת דובר משרד החוץ הירדני בעקבות הפגישה פוגעים במאמצים להשכין שקט בירושלים ונותנים רוח גבית לאלו שפוגעים בקדושת החגים ונוקטים אלימות המסכנת חיי אזרחים מוסלמים ויהודים כאחד. אנו קוראים לכולם לסייע לישראל במאמצים להשכין שקט בירושלים ולאפשר חופש פולחן בהר הבית".
"פעולתה של משטרת ישראל, כולל ביום שישי האחרון, היא זו שאיפשרה את קיום התפילות לעשרות אלפי מאמינים מוסלמים. פעולה זו באה רק לאחר שמוצו כל האמצעים האחרים, כולל שיח אינטנסיבי עם הוקף. כל שותף אחראי צריך להכיר בכך ולא לקחת חלק בהפצת ידיעות שקריות לחלוטין, שרק מתסיסות את האווירה. הצהרות תמיכה במעשי אלימות, כולל ידוי אבנים, הן בלתי נתפשות ותורמות להסלמה. ישראל שומרת על הסטטוס-קוו ומצפה מכל שותפותיה לגנות את הקיצונים העוסקים בהסתה ובאלימות", הוסיפו בהודעה החריגה שיצאה מירושלים הערב.
מוקדם יותר התבטאו ראש הממשלה נפתלי בנט וסגן ראש הממשלה גדעון סער נגד ירדן והכניעה לתכתיבי חמאס השקריים. בנט אמר: "אני רואה בחומרה את ההתבטאויות המאשימות את ישראל באלימות המופנית אלינו, ויש מי שמעודד לזרוק אבנים, ולהפעיל אלימות כנגד אזרחי מדינת ישראל. הדבר הזה לא מקובל עלינו. זה מהווה פרס למסיתים, ובראשם חמאס שמנסים להצית פה אלימות בירושלים. אנחנו לא ניתן לזה לקרות. מדינת ישראל תמשיך להעניק ולשמור על כבוד כולם, לאפשר לכולם לחגוג בירושלים, ובראש ובראשונה כוחותינו ימשיכו להעניק ביטחון לאזרחי מדינת ישראל".
שר המשפטים צייץ: "ההתבטאויות המושמעות מצד בכירים בממלכת ירדן הינן חמורות ובלתי מקובלות. ריבונות ישראל בירושלים בירתה היא המבטיחה את חופש הפולחן לבני כל הדתות בעיר. הניסיונות של גורמים קיצוניים וטרוריסטים, כמו החמאס, להצית את השטח באמצעות קמפיין אנטי-ישראלי שקרי הם שקופים ואותם יש לגנות ולהוקיע".