יממה לאחר שהשר לשירותי דת, מתן כהנא, הודיע כי החליט לסיים את תפקידו של יהשע ישי כיו"ר ממונה של המועצה הדתית בירושלים, רבני ועובדי המועצה הדתית פרסמו מכתב מחאה נגד ההחלטה.
בפתח מכתבם כותבים הרבנים והעובדים: "אנו עובדי המועצה הדתית ירושלים, רבנים, מפקחים, משגיחים, מנהלי מחלקות ועובדי מנהלה, באנו בזאת להביע מחאתינו על מסע הסתה והכפשה כנגד יו"ר המועצה הדתית ר' יהושע ישי הי"ו, אשר מאז הכנסו לכהן כיו"ר עמד בעוז רוחו ובכפיפות והכונת הרבנים, להרים קרנה של הרבנות ירושלים עיה"ק בהעמדת הדת על תילה בכל תחומיה, הכשרות, הנישואין, המקוואות והעירובין.
"קומם והאדיר כל ענייניהם כדת של תורה וההלכה המסורה, העמיד והכשיר כיד ה' הטובה עליו – בניהול ובחוכמת הלב – כל הנדרש והנצרך בהפעלת כלי הקודש לתפארת עיה"ק וכלל תושביה, ללא מורא וללא חת מתוך נאמנות, דאגה ומסירות כנה לתפקיד הרם".
לדבריהם: "בעומדו על משמר הניהולי, הרים ופיתח יכולות תפקודיות שהיו בעבר בשפל עמוק עד כדי אי קבלת משכורות לכלל העובדים. בפועלו הניהולי רב הניסיון הצליח ברוב חכמה ודעת, בעמל רב ימים כלילות, להביא לאיזון תקציבי, לפתח תשתיות בכל תחומי האגפים, לייעל ולשכלל קבלת השירותים לציבור הרחב, להרחיב ולהגדיל את מקצועיות ומיומנות כלל העובדים, בעין פקוחה ובהכוונת ההנהלה והרבנים"..
הרבנים פנו לישי והוסיפו: "תחזקנה ידך מול כל העומדים בפניך, להמשיך בהרמת קרנה של תורה והלכה ותחול עליך הברכה: "ויאמר ה' אל יהושע... רק חזק ואמץ מאד... הלא ציוויתיך חזק ואמץ אל תערוץ ואל תחת כי עמך ה' אלוקיך בכל אשר תלך"".