במהלך כל תקופת החיסונים, משרד הבריאות אוסף מידע על תופעות לוואי באופן שיטתי ומצליב אותו עם המידע הנאסף במדינות אחרות בעולם ועם ניסויים קליניים הנערכים בחיסונים. משרד הבריאות עוקב, מנטר ואוסף באופן שיטתי מידע על תופעות הלוואי המדווחות לאחר החיסונים, ותוצאות המעקב הזה הולמות באופן חד משמעי את קביעת הגופים המדעיים והרפואיים המובילים בעולם: החיסונים הינם בטוחים ויעילים, תופעות הלוואי אם ישנן לרוב קלות וחולפות.
עיקרי הנתונים של משרד הבריאות מלמדים:
• מנת החיסון השלישית מלווה בשיעור קטן יותר של תופעות מדווחות (למשל עייפות, חולשה, כאב מקומי באזור הזריקה) לעומת המנות הקודמות. מספר התופעות המשמעותיות שנצפו בחיסון השלישי הסתכם ב-19 בלבד (בחלקם עדיין נבדק הקשר לחיסון), מתוך כ-3.2 מיליון מתחסנים בחיסון שלישי.
• דלקת שריר הלב בבני נוער (מיוקרדיטיס) - נכון ל-25.09.21 דווחו 11 מקרים בגיל 12-15, מתוך 331,538 (שיעור אפסי) מתחסנים במנה ראשונה ו-255,444 (שיעור אפסי - 0.00043%) מתחסנים במנה השנייה. מכאן עולה שמדובר בתופעה נדירה ביותר, וגם היא חולפת לרוב אחרי זמן קצר. חשוב לציין שהסיכון למיוקרדיטיס כתוצאה מקורונה גבוה בהרבה בהשוואה לסיכון כתוצאה מהחיסון.
• תת דיווח - על אף האיסוף השיטתי על דיווחים, המשרד מניח שקיים תת- דיווח של תופעות קלות במיוחד, אשר לא פוגעות בשגרת החיים ולא מצריכות מעקב רפואי.