המכון למחקר ביטחון לאומי הגיש לנשיא החדש יצחק הרצוג מסמך המסקר את האיומים הלאומיים על ישראל ואת דרכי ההתמודדות המומלצים מולם. המסמך מתיחס לגזרת איראן, לבנון, סוריה, ירדן וטורקיה וכן ליחסים אל מול ארה"ב תחת נשיאותו של ביידן. המכון עומד תחת ראשותו של פרופסור מנואל טרכטנברג והמסמך הוגש עקב התפתחויות באיזור ולרגל כניסתו של הנשיא לתפקיד.
בהתייחסות אל היחסים הבינלאומיים נכתב כי על ישראל לקדם בראש את היחסים עם ארה"ב ובפרט עם הנשיא ביידן והמפלגה הדמוקרטית, כל זאת תוך המשך שמירת היחסים הטובים עם המפלגה הרפובליקנית. על ישראל לחזק את מעמדה כנכס חשוב לארה"ב במזרח התיכון ולהימנע מעימותים פומביים עם הנשיא ביידן, יש ללבן את נקודות המחלוקת בין המדינות וליצור ערוץ תקשורת שיאפשר תיאום בין המדינות.
בהתייחסות לאיראן, נכתב, כי האיום הגרעיני מצידה הוא האיום החמור ביותר שקיים בעת הזו על ישראל. איראן מפרה קווים רבים שנחתמו בהסכם המעצמות בוינה ומתקדמת במהירות אל עבר יכולת החזקת נשק הגרעיני, יש לבדוק אם היא אכן מתכוונת לחתום על הסכם מחודש או משתמשת בכך על מנת למשוך זמן. "איראן צוברת ידע וניסיון שנדרשים לנשק גרעיני, מתקדמת בהעשרת אורניום לרמות גבוהות והחלה בייצור אורניום מתכתי, המתאימים לתוכנית גרעין צבאית ולא אזרחית. כמו כן צוברת איראן יכולות גרעין טכנולוגיות בהפעלת צנטריפוגות מתקדמות" נכתב במסמך. המסמך התייחס לתרחיש בו איראן אכן תפעל להגעה להסכם ומציין כי על ישראל לדאוג כי ההסכם יהיה אדוק יותר וכי הכורים יהיו מפוקחים, במקרה ולא יושג ההסכם ישראל תצטרך לפעול נגד התבססותה של איראן גם בזירה הצפונית ולפעול ממושכת כנגדה מבלי לגלות סימני עייפות.
בהתייחסות אל הזירה הצפונית נכתב כי לבנון השרויה במשבר כלכלי ממושך מהווה כר פורה להתבססות האיראנים בה ולמרות ההרתעה ההדדית אל מול חיזבאללה הפוטנציאל להתדרדרות גבוה, על ישראל לפעול תוך מאמץ בינלאומי למניעת התדרדרות לבנון לאנרכיה, מלחמת אזרחים או התפרקות. בנוסף, יש לקבוע דרך פעולה ממשית כנגד פרויקט הטילים המדוייקים של חיבאללה.
עוד על הגזרה הצפונית, החוקרים כתבו כי על ישראל להכיר בכך כי סוריה תיוותר מפוצלת בעתיד הקרוב והתבססות איראן בשטחה תימשך, על ישראל לדאוג תוך מאמץ פעיל לדחיקת איראן מהאיזור וכריתת בריתות אזורית תוך מאמצי פעולה בינלאומיים.
החוקרים סבורים כי הגזרה הפלסטינית שולית בסדר היום הבינלאומי. על ישראל להיערך למאמץ הסדרה ארוך טווח אל מול עזה, בפרט לאור פרישתו הקרובה של אבו-מאזן והתחזקות החמאס. את ההסדרה יש לבצע בתיווך מצרים ובסיוע בינלאומי ועליה לכלול שיקום כלכלי של הרצועה תוך הקמת מנגנון שימנע את התעצמותה, כל זאת תוך שמירה עליה כפרטנר להסדר עתידי. ישראל אף צריכה להיערך לאפשרות צבאית של כניסה יבשתית לעזה במקרה הצורך.
בהתייחסות להסכמים הקיימים נכתב כי על ישראל להמשיך לחזק את היחסים אל מול ירדן ולהפחית את החיכוך מול טורקיה וארדואן תוך חיזוק הגורמים המתנגדים לו.
על פי החוקרים ההרתעה הישראלית עדיין קיימת: "אויביה מודעים לכוחה וכולם עסוקים בבעיותיהם הפנימיות. עם זאת, עימות יכול להתרחש, גם בזירה הצפונית וגם מול עזה, בשל דינמיקה של הסלמה. על ישראל לגבש אסטרטגיית ביטחון לאומית עדכנית, כבסיס לתפיסת הפעלה של צה"ל, לעדכון תוכניותיו האופרטיביות ולאישור תוכנית רב-שנתית לבניין הכוח, כולל מתווה תקציבי רב-שנתי. יש להיערך לאפשרות של מלחמה רב -זירתית כאיום ייחוס עיקרי ולסגור פערים במודעות ובתפיסת הציבור לגבי מאפייניה ותוצאותיה האפשריות. יש לוודא קיומה של יכולת תמרון יבשתי זמינה היכולה להתמודד עם אתגרי התקופה".