מיד עם סיום תפילת הצהריים (שישי) החלה התפרעות בהר הבית על ידי מאות צעירים ערבים, שכללה ידויי אבנים והשלכת בקבוקי תבערה לעבר כוחות המשטרה.
בעקבות כך מפקד מחוז ירושלים, ניצב דורון תורג'מן, ששהה במקום ופקיד על הכוחות הפרוסים בהר, הורה לכוחות המשטרה להיכנס להר הבית ולטפל במתפרעים שבסמוך לנקודת המשטרה שבמקום.
במקביל, התאפשרה יציאת בלתי מעורבים בהתפרעות מרחבת הר הבית דרך השערים.
במשך שעה ארוכה פעלו כוחות משטרה ולוחמי משמר הגבול בשטח הר הבית להשבת הסדר וטיפול במתפרעים שכאמור יידו אבנים ובקבוקי תבערה וקראו קריאות לאומניות לעבר כוחות המשטרה וכן, תקפו את השוטרים שפעלו במקום.
מהמשטרה נמסר כי "שוטרי משטרת ישראל ומשמר הגבול פרוסים כעת בהר הבית בפריסה רחבה על מנת לשמור על הסדר".
