בשומרון חוששים מבעיה חמורה באספקת המים בקיץ הקרוב. אחד הקידוחים החשובים בשומרון, קידוח מחנה חורון, המספק כשליש מאספקת המים של יישובי גב ההר נסגר על ידי משרד הבריאות, זאת משום שהבסיס הצבאי הסמוך, חטמ"ר שומרון, אינו מסלק את מי השופכין שלו בצורה מסודרת ולמעשה מזהם את מי התהום של אותו קידוח.
שורש הבעיה טמון בכך שהשפכים של הבסיס הצבאי, מטופלים בשיטות מיושנות במיוחד באמצעות בריכות חמצון. בשיטה הזו הביוב עומד במאגר פתוח, ובשל החשיפה לשמש מתפתחות בו אצות, שאמורות לחמצן את המים ולהפחית את הזיהום. בסופו של התהליך, השפכים המחומצנים מוזרמים לאפיקי הנחלים בסביבה, תוך שהם מזהמים את מקורות המים ועלולים לחלחל גם למי התהום כפי שחוששים במשרד הבריאות.
על אף פניות חוזרות ונשנות בשנים האחרונות למשרד הבטחון בבקשה שיסדיר את סילוק מי השופכין של הבסיס הצבאי, לטענת המועצה האזורית שומרון, משרד הבטחון גורר רגליים עד כדי כך שמשרד הבריאות החליט בצעד חריג לסגור את קידוח המים מחשש לפגיעה בתושבים. המחסור במים צפוי להיות מורגש בקיץ בישובי גב ההר וגם בישובים הפלסטינים שכולם מקבלים מים מאותו קידוח.
המועצה האזורית שומרון מתריעה משנת 2015 בפני משרד הביטחון על הזיהום ודרשה ממשרדי הממשלה השונים כי ימצאו פתרון לבעיית זיהום מי התהום בתחומה. משרד הביטחון התחייב בשנת 2017 לטפל במערכת הביוב ולחבר את הבסיס הצבאי למערכת סילוק מי השפכים של הישוב איתמר, אלא שעל אף ההסכם שנחתם בנושא דבר לא התקדם.
המועצה האזורית שומרון הגישה התראה לפני עתירה לבג"ץ לשר הבטחון בני גנץ, לשר הבריאות יולי אדלשטיין, לראש המנהל האזרחי פארס עטילה וליו"ר רשות המים גיורא שחר, בו היא מודיעה כי באם הנושא יטופל בדחיפות עליונה היא תפנה לבג"ץ
"לא ייתכן שישובים שלמים יישארו ללא אספקת מים מסודרת, רגע לפני הקיץ ובשיא החום, ומשרד הבטחון ימשיך לגרור רגליים", אומר יוסי דגן ראש המועצה האזורית שומרון ומוסיף, "אנחנו עומדים לפני לא פחות מקטסטרופה, ומשרד הבטחון, ללא כל הסבר מניח את הדעת, לא עוצר את זיהום מקורות המים של השומרון בכלל ויישובי גב ההר בפרט. ישנה כאן פגיעה בתושבי השומרון, פגיעה בחיילים שלמשרד הבטחון לא אכפת שישתו מים מזוהמים. ופגיעה בערבים המתגוררים במרחב שגם הם נהנים מאותם מים. אני מצפה ממשרד הביטחון ומרשות המים למצוא פתרונות, ב-2021 תושבים בשומרון לא ישתו ממיכלי חירום ויוותרו על צרכים בסיסיים בשל גרירת רגליים של פקידות, וזלזול בתושבי השומרון".