ישיבת באר יעקב, הצליחה לצלוח את זמן אלול ללא נדבקים - עד לערב יום הכיפורים, כשהתברר שיש למספר בחורים תסמינים. כעת, 120 בחורי הישיבה נשארו במקום ולטענתם, אין להם איך לצלוח את חג הסוכות.
הישיבה פתחה את זמן קיץ במתווה הקפסולות - ע"פ כל הכללים, תוך שמירה קפדנית ועמידה בכל דרישות משרד הבריאות. ואכן, היא רשמה אפס חולים והדבקות במתחם הישיבה.
בערב יום כיפור, מסיבה שעדיין לא התבררה, החלו מספר בחורים (כולל ראש הישיבה) לחוש שלא בטוב, וביום כיפור נרשמה עלייה משמעותית ביותר במספר החולים.
במוצאי יום כיפור, כאשר הבחורים תכננו לחזור לביתם, רבני הישיבה החליטו לא ליטול סכנות מיותרות. והורו לבחורים, שלא לשוב לבתים עד שידעו את תמונת המצב המלאה.
אחד מבחורי הישיבה מספר ל'כיכר השבת': "ביום שלישי בערב התבצעו בדיקות קורונה בישיבה, וביום רביעי כבר הגיעו תוצאות הבדיקה, שם התברר כי מחצית מבני הישיבה לקו בנגיף".
"נכון לעכשיו", מוסיף הבחור, "מה שקורה בישיבה זה שישנם מאה עשרים בחורים אשר מתוכם לקו בנגיף, והשאר חייבי בידוד עם תסמינים קשים. לבחורים אין לאן לחזור ואין מי שיקבל אותם".
"בנוסף", מספר הבחור, ראש הישיבה אסר על הבחורים להתפנות למלוניות הקורונה האלטרנטיביות, ולמלונית הקורונה בישיבת חברון. וזאת, בשל הסכנות הרוחניות החמורות הטמונות בכך".
"ראש הישיבה החליט, כי הבחורים יישארו בקריית הישיבה לחג הסוכות ועד בכלל. היות והישיבה במתכונת בין הזמנים, אין הנהלת הישיבה יכולה לתקצב ארוחות וסיוע בסיסי מינימלי. ערב החג והבחורים בישיבה בחוסר וודאות מוחלט. אין אוכל ואין סוכות ואין ארבעת מינים. שלא נדבר על מעט פינוקים לימי החג".
מטעם משל"ט הישיבות, נמסר בטענה לתגובות שהועלו, כי "הישיבה קיבלה אפשרות להתפנות לישיבת חברון אך סירבה לכך. זאת ועוד, הישיבה הודיעה שהיא תמשיך על דעת עצמה".
"במידה וישיבת חברון, או אחרות לא יוכלו לקלוט את תלמידי הישיבה, נפעל ונבחן את יכולתם לעמוד בהנחיות ובדרישות לנהוג ולפעול באחריות הנדרשת לניהול חולים ומבודדים".
לגבי הטענה, כי לא רוצים להתפנות לישיבת חברון בשל הסכנות הרוחניות, אומרים במשל"ט: זו טענה שאינה מקובלת ולא ראויה להישמע".
"מקום בו עוסקים בבריאות אנשים (ואנו תקווה, שהתנהלותם הייתה ראויה בין לבין) וכאשר עוסקים במשאבים לאומיים. אין פה עניין שלא ניתן מענה ראוי ביותר, רוחנית, ערכית וגשמית, אלא החלטה שזכותם לקבל אבל לא לטעון כנגד".