בחצרות החסידים נערכו תפילות יום הכיפורים בהשתתפות המונים ובראשות האדמו"רים, כאשר בחלק מהחצרות נשמרו הוראות משרד הבריאות..
בחצר הקודש גור השתתפו כ-2000 חסידים והתפילות נערכו בבית המדרש הגדול ברחוב ירמיהו בירושלים, תוך שהמתפללים מחולקים לקפסולות. יתר החסידים נשארו בביתם
לתפילות בליל היום הקדוש ניגש הרה"ח רבי יצחק גולדקנופף, ובתפילות ביום כיפור בבוקר ניגשו הרה"ח רבי יצחק גולדקנופף והרה"ח רבי אברהם נחום לב שהוחלף באמצע תפילת מוסף לאחר שקולו נחלש בשל היצטרדות.
בזמן אמירת 'יזכור' הכריז הגבאי רבי איצ'ה מאיר טאומן כי בשל המצב והסכנה מפני נגיף הקורונה שלא יצאו החוצה מבית המדרש, אלא להסתובב לאחור ולא להביט לעבר הקפסולה שם שהו היתומים.
יצוין כי בערב החג שיגר הנגיד רבי שלמה ורדיגר הועדה לכלל חסידי גור בארה"ב בה הודיע לחסידים כי לאחר שיחה שערך עם הרבי בעניין נגיף הקורונה בחו"ל, ביקש הרבי למסור כי אנ"ש דחסידי גור נקראים להקפיד על ההנחיות וללבוש מסיכות, כדי לא לגרום חלילה לחילול ה'. עוד הוסיף ורדיגר כי הרבי איחל גמר חתימה טובה ושנה טובה לכולם.
בחצר הקודש ויז'ניץ התפללו במהלך החג חסידים רבים והתפילות עברו בהתרוממות הנפש של ממש. בחסידות ערכו מניין נפרד למבוגרים, כאשר אלו שחשו תסמינים נשארו בהוראת הרבי בביתם.
בנוסף, אנשים מבוגרים שעברו בדיקת קורונה ויצאו שליליים ישבו במקומות מיוחדים מאחורי מחיצות.
בזמן קריאת התורה ערך הרבי 'מי שברך' מיוחד עבור החסידים שחלו בנגיף הקורונה ועבור אלו שלא הגיעו ליום כיפור לבית המדרש הגדול בבני ברק, ולאחר מכן עבר לפני התיבה לתפילת מוסף.
בליל החג סיימו את התפילות בשעה 20:40 ובבוקר סיימו מוסף בשעה 16:15.
בחצר הקודש בעלזא שהו החסידים גם כן בבית המדרש הגדול בקרית בעלזא בירושלים, בראשות האדמו"ר שעבר לפני התיבה לאמירת 'כל נדרי'.
בחצר הקודש צאנז התפלל הרבי בביתו כשהחסידים המתגוררים מחוץ לנתניה נקראו להישאר במקום מגוריהם בשל העובדה כי הרבי נדבק בנגיף הקורונה.
בחצר הקודש סערט ויז'ניץ החסידים נשארו גם כן במקום מגוריהם, תוך שהרבי ערך את התפילות במניין מצומצם בביתו בשל הסכנה מפני הנגיף.
בחצר הקודש באיאן נערכו התפילות בבית המדרש המרכזי בירושלים בהשתתפות מאות חסידים ובראשות האדמו"ר שהורה להשאיר את בתי הכנסת של החסידות בשאר הערים פתוחים לרווחת החסידים שנשארו בביתם.
בחצר הקודש קרעטשניף נערך מניין מצומצם בבית הכנסת הסמוך לביתו של הרבי, כאשר בנוסף התקיימו מניינים נוספים ונפרדים לפי ההנחיות, תוך שמירה על כלל הזהירות.
בחצר הקודש פיטסבורג נערכו התפילות בבית המדרש באשדוד בראשות בניו של הרבי שעדיין מאושפז בבית החולים.
לתפילת 'כל נדרי' ומעריב ניגש בנו בכורו של האדמו"ר הרה"צ רבי משולם, ובליל החג אמרו החסידים את כל ספר התהילים לרפואת הרבי.
יצוין, כי בבוקר יום הכיפורים התקיים בחסידות מניין נוסף על מנת לשמור על הכללים וההנחיות, ובמוצאי שבת התבשרו החסידים כי במסגרת ההתעוררות של הרבי בבית החולים הוא שיתף פעולה באופן חלקי בתפילות שערך בנו הרה"צ רבי יוסף לצידו בבית החולים.