אחד המאוכזבים הגדולים של חלוקת התיקים והמו"מ הקואליציוני הוא ראש עיריית ירושלים לשעבר ח"כ ניר ברקת.
ברקת הגיע למקום גבוה בפריימריז ואף זכה להבטחתו של נתניהו כי יקבל את תיק האוצר, אך נותר לבסוף מחוץ לשולחן הממשלה. נתניהו החליט שלא למנותו לשר למרות שהוכיח את נאמנותו במהלך הבחירות האחרונות.
אלא שמדיווח של מיכאל שמש ב'כאן' עולה כי מי שהפעיל לחץ על רה"מ נתניהו בכדי שברקת לא ימונה לתפקיד שר החינוך הוא לא אחר מאשר יו"ר דגל התורה, ח"כ משה גפני.
ביממה האחרונה כשנודע כי ברקת עשוי להתמנות לתפקיד שר החינוך פעל גפני בסביבת נתניהו כדי שהמינוי לא יצא לפועל.
גפני סגר חשבון עם ברקת שהיה האויב הגדול שלו בתקופת כהונתו כראש עיריית ירושלים, אז דגל התורה שימשה כאופוזיציה לניר ברקת מתוך הקואליציה בה היא הייתה חברה.
גפני עצמו הכחיש את הפרטים וטען כי לא היו דברים מעולם. כך או כך, עולה כי אילו ברקת היה מתמנה לתפקיד שר החינוך, תפקיד שניתן בסופו של תהליך ליואב גלנט, הרי שהוא היה נאלץ לעבוד בצמוד לסגנו – מאיר פרוש מאגודת ישראל.
בין השניים כזכור עבר הרבה דם רע, כאשר התמודדו ראש בראש על ראשות העיר ירושלים ב-2008. התמודדות שהסתיימה בהפסד של פרוש.