היום לפני 1860 שנים גילה רשב"י לתלמידו שיום פטירתו הגיע, הלם גדול תקף אותם, אולם הוא ניחמם שבשמים הוא ילמד בחברותא עם אחיה השילוני. לאחר מכן התקבצו תלמידיו סביב מיטתו ואש גדולה ומלהטת סובבה אותם, והחל רשב"י לפני צאת נשמתו בטהרה לגלות להם את סודות הבריאה.
בפטירתו היה רשב"י כולו אש, ומיטתו התעופפה בשמים לאחר שהייתה מריבה גדולה ועצומה בין תושבי רומי לציפורי היכן יקבר, לבסוף בחר הצדיק את הר מרון מטעמים כמוסים עימו.
***
י"ג שנים שהה רשב"י ובנו במערה ולמד תורה בטהרה, אפילו להתפלל לא נעצר, אלא אך ורק למד תורה בטהרה, י"ג שנים אכל רשב"י מעץ החרובים שנברא בנס.
מי"ג שנים אלו זכה עם ישראל בתורת הקבלה- ספר הזוהר הקדוש, שכולו סודות עצומים שנכתבו מתחת כסא הכבוד.
לכשיצא מהמערה, גופו נהפך לקודש קודשים, כל דבר גשמי שהביט בו, עלה בלהבות של אש.
***
ל"ג בעומר הינו יום קדוש ביותר, החת"ם סופר מעיד שביום זה נתיישב רוח הקודש בעם ישראל לאחר ברית המילה בערב פסח במצרים, ויום ל"ג היה ארבעים יום ליולדת שהיא גמר הטהרה.
כשעלה לארץ ישראל האור החיים, אחד עוד לפני כניסתו בירושלים, עלה לציונו של רשב"י וכולו היה רטט וחלחלה, הוא ירד מהחמור שנשא אותו, ועלה ברגליו על אדמת הקודש של הר מרון.
אגרת נדירה מתלמידו מעידה על כך שלמדו שבע שעות על הציון את תורת הקבלה, זוהר ופרושיו, עד שנתפשט ריח גן עדן ברחבי המערה הקדושה.
נורא להעלות את המחשבה שבל"ג בעומר יום פטירתו של רשב"י הקדוש לא נוכל לעלות על קברו ולהתפלל על ישועת הפרט והכלל,
הזדמנות נדירה יש לנו ששלוחי קופת העיר יתפללו עליך במערה שלו בפקיעין>>
וגם על קברו במירון , שלוחי קופת העיר מקבלים שמות לתפילה על הציון>>