מנהלי הישיבות זועמים, ובהתכתבות פנימית הנחשפת לראשונה ב'כיכר השבת' מאיימים להפסיק לשתף פעולה עם הביקורות.
כידוע, תקציב הישיבות והכוללים יורד מחודש לחודש, בתחילת שנת 2020 הוא קוצץ בעשרות אחוזים, וכפי שנחשף ב'כיכר השבת' ומאז הוא יורד ויורד, עד שהגיע לערך נקודה שהיה בתקופת גזירות לפיד בשנת 2013.
בשנת 2018 קיבל אברך כולל 819 שקל לחודש ובן ישיבה 455, כיום בשנת 2020 התקציב עומד על 300 שקל לבן ישיבה ו-558 לאברך כולל.
בעוד תקציב הישיבות מקוצץ שוב ושוב, הביקורות בהיכלי הישיבות נמשכות, ולטענת ראשי ומנהלי הישיבות הביקורות מחמירות יותר מבעבר.
לדוגמה, היום (רביעי) פשטו פקחי משרד החינוך על מוסדות וכוללים בעיר אשדוד וערכו ביקורות נוקשות בין היתר בישיבת 'בית ישראל'.
ל'כיכר השבת' הגיעה התכתבות פנימית של מנהלי ישיבות שזועמים על התנהלות משרדי האוצר והחינוך, שביד אחת מקצצים וביד שנייה מקשים ומחמירים את הביקורות
מנהל ישיבה חסידית ששמו שמור במערכת מטעמים מובנים הציע, "לא נשתף פעולה עם הביקורות הללו יותר עד להגדלת התקציב".
מנהל אחר כתב: "מעניין שלזה יש כסף, שיקחו את הכסף שנותנים לרואי חשבון הללו והפקחים ויתנו לישיבות". מנהל נוסף הציע: "להתאחד עם החינוך העצמאי ותלמודי התורה ולהתנגד לכניסת הפקחים".
מנהל כולל באשדוד כתב "מקצצים לנו ואז באים לפקח? התקציב כל כך זעום שאולי שווה לוותר על ההשפלה".
בתוך כך אברך כולל תושב ירושלים שיגר מכתב חריף למשרד המשפטים, בו הוא מבקש לקבל הסברים מדוע הביקורות הנערכות בכוללים ובישיבות, לא נערכות במוסדות להשכלה גבוהה שמתוקצבות על ידי המדינה.
במשרד המשפטים ניסו להסביר את ההבדלים וכתבו: "ההבדל העקרוני בין התמיכה הניתנת בעד עצם הלימוד, ממנו נגזרת חובת הנוכחות והצורך באימות קיומה, ובין אופן התקצוב של המוסדות להשכלה גבוהה המתאפיינים ברכישת השכלה ותואר".