בתקופה האחרונה חלה עלית מדרגה מדאיגה במסגרתה נצפו שיתופי פעולה בין עיריית ירושלים לבין גופים מיסיונריים של הכת הנוצרית "היהודים המשיחיים".
כך למשל, כפי שדווח לאחרונה בהרחבה, הורשו עשרות מיסיונרים לצעוד במסגרת "צעדת ירושלים"– שנערכת על ידי עיריית ירושלים – כשהם מנצלים זאת לצורך פעילות מיסיונרית אקטיבית שכללה אף הטפה לקטינים אשר אסורה לפי חוק העונשין הישראלי.
פניית יד לאחים בנושא לעירייה, לא זכתה עד לרגע זה לתגובה או התייחסות כלשהיא מראש העיר ניר ברקת או מטעם המחלקה המשפטית של העירייה, אבל בו בזמן היו אלו דווקא המיסיונרים שזכו ליחס מהעירייה ולשיתוף פעולה נוסף עמם:
פעילי השטח של יד לאחים בירושלים הופתעו לגלות כי במסגרת אירוע 'בתים מבפנים' שיערך החל מיום רביעי הקרוב בעיר הקודש, ואשר במסגרתו מוזמנים התושבים לראות מבפנים בתים מעוררי עניין בירושלים, השתרבבה כנסייה מיסיונרית ידועה לתוך הרשימה המומלצת על ידי העירייה.
ביד לאחים מיהרו לשלוח בראשית השבוע מכתב בהול ללשכת ראש העיר, בו הם מיידעים אותו על שיתוף הפעולה ההרסני שנותן לגיטימציה לפעילות המיסיונרית ואשר נועד להכניס יהודים 'ללוע הארי', ודורשים ממנו להסיר לאלתר את הכנסייה מהרשימה.
בארגון הדגישו יחד עם זאת כי ייתכן שמדובר בטעות שנבעה מתום לב, אך נוכח ההיכרות עם אופייה של הכנסייה הפועלת כבר כמאה ושמונים שנה (מאז שנת תר"ב) להמרת דתם של יהודים, על העירייה לנקוט בצעדים ברורים ומיידים.
בארגון מציינים את התגייסותו של רב הרובע היהודי הגאון הרב מרדכי נבנצל שליט"א למניעת כניסת משתתפי הסיור לכנסייה, ומדגישים כי העתק מהמכתב נשלח גם לרבניה הראשיים של ירושלים וכן לחברי המועצה הדתיים והחרדיים. אנשי המחלקה להצלה ממיסיון וכתות ביד לאחים אף מבקשים מנבחרי הציבור לשים לב לפעילות הכת הנוצרית שמנצלת במכוון את תקופת הדמדומים של החלפת השלטון בירושלים בניסיון להציב תקדימים של שת"פ בין העירייה ובין הכת.
במקביל פונים ביד לאחים לציבור הרחב בבקשה להדיר את רגליו מהאירוע, כל עוד העירייה לא תנקוט בפעולה ברורה ונחרצת להסרת הכנסייה המיסיונרית מהרשימה. בארגון אף מתכוונים להציב צוות שיעמוד בפתח הכנסייה כדי להזהיר את העוברים והשבים מפני המפגע המסוכן.