במשך כחודש ימים הוחזק השר לשעבר גונן שגב בחשאיות במתן שירות הביטחון הכללי. שגב הוגדר כאסיר X וזה בכדי למנוע הדלפות על דבר מעצרו.
מפרטים חדשים שנחשפו באתר ynet, מתבררות השיטות בהן פעלו חוקרי השב"כ והיאחב"ל.
כחלק מהפקת הלקחים מפרשת התאבדות המרגל בן זיגייר, השב"כ החזיק את שגב במתקן כליאה של שירות הביטחון הכללי, כאשר על תאו לא הופיע שמו, ורק צוות מצומצם ידע על האסיר המוחזק בתא. כמו כן, השר לשעבר קיבל רשימת עורכי דין מצומצמת, המחזיקים בסיווג בטחוני, מהם הוא בחר את אלי זהר ומשה מזור שייצגו אותו.
מרכז הרגישות היית כאשר גונן שגב הובא להארכת מעצר בפני נשיאת בית משפט השלום בראשל"צ השופטת עינת רון.
על פי הדיווח, חוקרי השב"כ ביקשו מהנהלת בית המשפט לכבות את המצלמות בכדי שאיש לא יבחין בעצור החשאי המובל להארכת מעצרו. כמו כן, הוא הובא מחופש, בין היתר כשעל ראשו כובע ומשקפיים, וזה בכדי שאיש לא יזהה כי העצור הוא לא אחר מאשר שר וח"כ לשעבר.
כמו כן, בניגוד לכל דיון אחר, מערכת הביטחון התנגדה כי בדיון תשתתף קלדנית ולשם כך הביאו מחשב בו הקליטו את פרוטוקול הדיון.
כזכור, בהודעת שב"כ שהתירה לפרסום את פרשת הריגול, נאמר: "שגב, שבשנים האחרונות התגורר בניגריה, הגיע לגינאה המשוונית במהלך חודש מאי 2018. שגב הועבר לישראל על פי בקשת משטרת ישראל, לאחר שגינאה המשוונית סירבה להתיר את כניסתו לשטחה על רקע עברו הפלילי. שגב נעצר לחקירת השב"כ והמשטרה מיד עם הגעתו לישראל, לאחר שנאסף מידע שהצביע על חשד כי שגב מקיים קשרים עם גורמי המודיעין האיראני ומסייע להם בפעילותם נגד מדינת ישראל".
"בחקירה בשב"כ ובמשטרה התברר כי שגב גויס ופעל כסוכן מטעם המודיעין האיראני. החקירה העלתה כי בשנת 2012 נוצר קשר בין שגב לבין גורמים מהשגרירות האיראנית בניגריה, ובהמשך אף הגיע פעמיים למפגשים באיראן עם מפעיליו, תוך שזהותם כאנשי מודיעין הייתה ברורה לו. החקירה העלתה כי שגב נפגש עם מפעיליו האיראנים ברחבי העולם, בבתי מלון ובדירות אשר להערכתנו משמשות לפעילות חשאית איראנית. שגב אף קיבל מערכת תקשורת חשאית להצפנת המסרים בינו לבין מפעיליו".