לפני כחמש שנים, התקיימה פגישה נדירה בין ראש הישיבה הגאון רבי שמואל אוירבך למרן פוסק הדור רבינו עובדיה יוסף זצוק"ל. הגר"ש הגיע לנחם את פוסק הדור בשל פטירת בנו הגאון הגדול חכם יעקב יוסף זצ"ל. כתב "כיכר השבת" ישי כהן שנכח בפגישה ההיסטורית מגיש תיעוד מלא מהמפגש. הפגישה התקיימה לאחר כעשרים שנה בהן לא התראו הרבנים.
מרן הגר"ע יוסף סיפר לגר"ש אויערבך על ההיסטוריה שלו ברבנות, הקשר החם שהיה לו עם גדולי ישראל, וחשף כי לא רצה להתמנות לתפקיד הרב הראשי וביקש כי ישאירו את קודמו, הרב יצחק ניסים, אך גדולי הרבנים הורו לו כי זהו תפקידו.
"הייתי בתל אביב כמו מלך לא רציתי להיות בירושלים אבל לחצו עלי הרבה", סיפר מרן זצ"ל לרבי שמואל: "הרב אלישיב, הרב ז'ולטי, הרב גולדשמיד, לחצו עלי שאני יהיה, אז היה צורך בדבר, אני לא רציתי להיות, השם יודע, כמה הייתי מתלבט על-זה".
לאחר-מכן, הוסיף הגר"ע יוסף ואמר כי מי שנבחר לתפקיד הרב הראשי סובל שם מאוד. "מאז שהיינו הרב הראשי זה רק צרות, זה רק צער". הרב אויערבך הגיב ואמר כי "זה לטובת הכלל". הרב עובדיה: "היה לי צער גדול כל זמן שהייתי הרב הראשי. עכשיו, יושבים לומדים תורה ברוך השם".
לאחר שהרעיף ברכות על הגר"ש אויערבך, ביקש הגר"ש את התגייסותו של הרב עובדיה נגד גזירת הגיוס המרחפת על עולם התורה. "צריכים את כבודו, בפרט עכשיו שיש גזירות, גזירת הגיוס".
פוסק הדור, התייחס לגזירת הגיוס ואמר: "האמן לי, אני נלחם, אני עוסק בדבר הזה ומתחנן לאנשים, שרים שלנו עכשיו הם לא שרים, אבל אני מדבר על ליבם, מעודד אותם כל יום, תשבו עם זה תפגשו עם זה, והם עושים כך, הולכים נופגשים. לא יושבים בשקט, יום יום הולכים מאחד לאחד, ומשדלים ליבותיהם".
הרב אויערבך הגיב ואמר: "הרב יצליח בכל מה שהרב עושה".