בעקבות הפרסום ב"כיכר השבת" כי משרד החינוך מתקצב תלמידים מוסלמים במוסודת המוכר שאינו רשמי כמו הנוצרים, אבל החרדים נשארו בחוץ, פנו חברי הכנסת מיכאל מלכיאלי ובצלאל סמוטריץ' ליו"ר ועדת הכספים ח"כ משה גפני וביקשו ממנו לקדם מתן תשובות שהעלו בוועדה באשר להפליית המוכש"ר החרדי ולהביאם בפני חברי הוועדה על מנת לברר את הנושא לעומקו.
במכתב ששלחו לגפני, כתבו השניים: "בסיכום הדיון שקיימה וועדת הכספים בראשותך על המוכש"ר החרדי ואפלייתו לרעה לעומת הנוצרים וכן בדיונים נוספים שהתקיימו לאחרונה בנושא תקצוב בתי הספר הנוצריים, הודעת כי אתה מבקש שנציגי משרד האוצר והחינוך יעבירו תשובות לסוגיות שעלו ונידונו בישיבות".
לדבריהם: "בין השאלות הוגשו דוגמאות לבקשות תקציב של כמה מוסדות נוצריים, שבהם מופיע כי התקציב הוא בעצם שעות לימוד לכל דבר ועניין, אלא שהוסיפו להם שם קוד שנראה מצחיק למדי 'ברוח ערכי הדת הנוצרית'".
חברי הכנסת תהו: "האם למוסד מוכש"ר חרדי, לא מגיע ללמוד עברית ברוח ערכי הדת היהודית?".
חברי הכנסת הלינו על "שינוי עמדה רטרואקטיבית בדבר מהות ותכלית ההקצבה: שכן שר החינוך הצהיר שהכספים לנוצריים הם בשל הפגיעה התקציבית בימי פירון וכי התקציב נועד לפצות על קיצוץ שבוצע בתקופת הממשלה הקודמת בתקציבי המוכש"ר, קיצוץ שפגע גם בבתי הספר הכנסייתיים. על בסיס הסבר זה, ורק על בסיסו, אישרה הכנסת את העברת התקציב, לעומת זאת בתשובת המדינה לעתירות שהוגשו לבג"ץ נימקה המדינה את העברת הכספים לבתי הספר הכנסייתיים: בשל "הערך של שמירה על המסורת והתרבות של קהילות, ובפרט של הקהילה הנוצרית, שהיא מיעוט בתוך מיעוט מתוך רגישות תרבותית והכרה בצרכי הזהות של התלמידים הנוצריים".