בעקבות שידור כתבה נגד מערך הכשרות ובעקבות פנייה של דובר הרבנות עו"ד קובי אלתר לגב' אורלי ממן נציבת קבילות הציבור של התאגיד - התקבלה תלונת הרבנות הראשית.
בנוסח חריג וחריף, ובפעם השנייה בתוך תקופה קצרה מתקבלות טענות הרבנות על שידור מגמתי ופסול, נציבת קבילות הציבור של התאגיד כותבת על התחקיר כי "הדבר לא עולה בקנה אחד הן עם התנהלות מקצועית מקובלת והן עם כללי האתיקה היסודיים".
בתשובתה לטענות החמורות שהעלה דובר הרבנות, כותבת הנציבה כי "לא קיבלתי כל הסבר מניח את הדעת מדוע נמנע מנציגי הרבנות לראות את הסרטון ולהגיב לתמונות ולטענות הקשות המועלות. הדבר לא עולה בקנה אחד הן עם התנהלות מקצועית מקובלת והן עם כללי האתיקה היסודיים... עולה מהמצב הפרה של כלל יסוד בעבודה עיתונאית והיא מתן זכות התגובה, ולא כמראית עין או יציאת ידי חובה, אלא כחובה ברורה."
בהקשר אחרת מוסיפה הנציבה: "דעתי היא כי מדובר בהיעדר גילוי נאות מתחייב והטעייה... אירעה תקלה משמעותית בהיבט התחקירי".
לעניין טענת הרבנות כי נדרש היה להראות את הסרטון גם לנציגיה כדי שתוכל לחוות דעה על אותן הפרות כשרות לכאורה, ו/או למסור תגובה מבוססת כנדרש, והדבר נמנע ממנה ללא כל נימוק הגיוני או סביר. יתירה מזו, לטענת הרבנות, מהתמונות שנחזו בשידור עולה כי אין ליקויים הלכתיים כלל, על כך כתבה נציבת הקבילות: "לא קיבלתי כל הסבר מניח את הדעת מדוע נמנע מנציגי הרבנות לראות את הסרטון ולהגיב לתמונות ולטענות הקשות המועלות. הדבר לא עולה בקנה אחד הן עם התנהלות מקצועית מקובלת והן עם כללי האתיקה היסודיים... כך או כך, עולה מהמצב הפרה של כלל יסוד בעבודה עיתונאית והיא מתן זכות התגובה, ולא כמראית עין או יציאת ידי חובה, אלא כחובה ברורה."
לעניין טענת הרבנות הראשית כי בתכנית הוצגו וקודמו אנשים שהינם בעל מיזם של השגחה פרטית. כאשר התכנית מציגה את המיזם באור חיובי לחלוטין, ואת הדמות הדומיננטית כמשגיח כשרות "שהיה במערכת" והחליט לצאת נגד מונופול הרבנות המעוול והדורסני תוך 'רדיפתו' על ידי הרבנות - הרבנות תהתה על הצגתו החיובית וקידום המיזם העסקי, בזמן שתלויה ועומדת נגדו חקירה משטרתית בגין זיוף תעודת משגיח כשרות וזיוף חתימת הרב הראשי.
על כך כתבה נציבת תלונות הציבור כי "דעתי היא כי בחלק זה אירעה תקלה משמעותית בהיבט התחקירי וכפועל יוצא גם בהיבט מסירת המידע - המלא והמתחייב".
לעניין טענות הרבנות על הראיון שהתבצע עם מר אבי זרקי והצגתו כמי ששימש ב"תפקידים ציבוריים רבים" וכ"איש המערכת" ומכאן החשיבות והמשקל שיש לתת לדבריו כבר סמכא בתחום הכשרות - כתבה הנציבה "דעתי היא כי מדובר בהיעדר גילוי נאות מתחייב והטעייה".
לעניין פרשנות בית המשפט בפסיקתו האחרונה כפי שהוצגה בתחקיר, כתבה הנציבה כי "דעתי היא שמעשה אחראי של התכנית היה לנקוט משנה זהירות והקפדה בהתייחס למשמעויות הבג"ץ ונכון היה לפנות לאיש משפט מוסמך שיבאר היטב את משמעות פסק הדין לציבור הרחב, כדי שלא לבוא לידי הכשלה חוקית, עובדתית, פרשנית ו/או ציבורית."
לעניין הראיון שנעשה עם מנכ"ל הרבנות מר משה דגן, כתבה הנציבה: "עמדתי היא שמדובר בהתנהלות שאין לקבלה. הסכמות מוקדמות בין גופי תקשורת למרואיינים יש לכבד במלואן וכלשונן אין להשתמש בראיון שניתן לעניין מסוים לצורך מענה לנושא אחר. אציין כי הבירור מול עורך התכנית העלה כי לא היה ער להסכמות אלה עם התחקירן ומחמת הספק הוא פעל באופן ראוי ונכון להכנסת התגובה הנוספת טרם השידור."
הנציבה מסכמת את מכתבה וכותבת: "הטענות שנטענו כנגד התחקיר נבדקו על ידי בקפדנות מלאה, ואלה הממצאים. כאן המקום להדגיש את החשיבות הרבה בה רואה תאגיד השידור את העמידה הבלתי מתפשרת על הבטחת נורמות מקצועיות ואחר מילוי כללי האתיקה העיתונאיים ולכן, ממצאים אלה יועברו לגורמים האחראים בתאגיד לשם למידתם, הסקת מסקנות והפקת הלקחים הנדרשים. אבקש לציין אין בממצאים אלה כדי לשלול או לאשר נכונותו של כל מצג שהובא בתכנית האמורה, למעט כזה שהדבר נאמר עליו במפורש, אם נאמר. לא כל שכן, אין בהם להמעיט בחשיבות הביקורת הציבורית על הליקויים והכשלים החמורים שנמצאו בכשרות הרבנות, הן בדו"ח המבקר הן בפרסומים שונים, וכולל אף בחלקים מתחקיר זה".
תגובת "שטח הפקר": "אנחנו מבינים שערוץ ציבורי שמעז לבקר, במטרה לשפר, גופים מונופוליסטים, שצברו עוצמה פוליטית, זה משהו שצריך להתרגל אליו וגם ברור לנו שגופים חזקים כל כך ובעלי השפעה כמו הרבנות הראשית אינם חובבים נלהבים של ביקורת. אבל, התפקיד שלנו הוא לראות אך ורק את טובת הציבור לנגד עיננו, ובמקרה הזה את טובתם הישירה של כ-60 אחוז מאזרחי ישראל השומרים כשרות, ואשר מגיע להם - ואינם מקבלים - בטחון של מאה אחוז בחותמת הכשרות.
"אנחנו עומדים באופן מלא מאחורי הטענות שהוצגו בתחקיר הכשרות. התחקיר הצביע על מחדלים ברורים במוסד הכשרות, מחדלים שחלקם אף הוזכרו בדו"ח מבקר המדינה. צר לנו כי במקום לעסוק בכובד ראש בטענות שהעלו בתחקיר, ובהתאם לערוך בדק בית לשיפור שירות מונופוליסטי, המשפיע על חיי היום יום של רבים מאזרחי המדינה, עוסקת הרבנות הראשית בהתנגחות בתכנית תחקירים אשר חשפה והציגה ממצאים חשובים שאינם נוחים לה - בלשון המעטה.
"בהתייחס לדברים שעולים בפניית נציבת הקבילות של התאגיד הרי שהעברנו התייחסות מפורטת לטענות. אנחנו סבורים שהתחקיר הינו פרי של עבודה עיתונאית יסודית ומעמיקה, המגובה ביכולת מקצועית העוסקת בעיתונות ואשר במשך יותר מעשרים וחמש שנים פרסמה מאות תחקירים שעמדו בכל מבחן משפטי וציבורי. יחד עם זאת נלמד את מסקנות דו"ח הנציבות ובמידה ויתעורר הצורך גם נפיק לקחים".