בעקבות הנושא הרגיש והכאוב במיוחד של חטיפת ילדי תימן, התעוררו גם בעיות לא פשוטות, שבראשן ההיבט ההלכתי והצורך לשמור על כבוד המת, בעקבות הדרישה לפתוח כמה מהקברים המיוחסים לילדי תימן, כדי לבדוק את הממצאים הנמצאים שם ולנסות לבצע בדיקת התאמה של DNA עם בני המשפחה.
בשבועות האחרונים, התעורר פולמוס מורכב בדיוני הוועדה בכנסת, במסגרת המגמה לחוקק חוק שיאפשר לבית המשפט לאשר פתיחת קברים. הצעד מרחיק הלכת עורר כמובן סערה, שבעקבותיה גם עלו תהיות באשר לנוהל הקיים לגבי פתיחת קברים במקרי הצורך כיום בישראל.
הוועדה המיוחדת בכנסת, קיימה ביום ראשון השבוע דיון נוסף במטרה לקדם את החוק ולהכין אותו לקריאה ראשונה ח"כ הרב אורי מקלב חשף בוועדה כי מדובר בניסיון לבצע מחטף, משום שהחוק מדבר על פסק הלכה כולל ולא מחייב. אך יתרה מכך, הדברים שנאמרו עד כה בוועדה, לא מופיעים באופן מחייב וחד משמעי בלשון החוק. בין היתר, פסק ההלכה של הגר"ע יוסף זצוק"ל המצוטט בחוק, מדבר אך ורק על פתיחת קברים במקרים מסוימים ולא על הוצאת ממצאים לבדיקה חיצונית כפי שדורש עתה החוק החדש.
בנוסף, קיים חשש ממקרים בהם באותה החלקה קבורים יותר מנפטר אחד או שדרכי הגישה לחלקה שובשו עקב השנים, דבר אשר מטריד את מנוחת הנפטרים הסובבים על ידי פתיחת קברים נוספים. כך למשל, בחלקה בה קבורים לכאורה ילדי תימן בהר המנוחות בירושלים, קברו באותן שנים ילדים נוספים, כאשר לאחר עשרות שנים נבנתה חלקה חדשה מעל לאותם קברי ילדים, ולכן היום, כדי להגיע לאותם קברים יהיה צורך לפתוח גם את הקברים החדשים שנבנו מלמעלה. כל הנתונים הללו אינם מקבלים מענה בלשון החוק הנוכחית, על אף שבוועדה דובר שיימצא לזה פתרון.
לאחר הדיון בוועדה, הגיבה היו"ר ח"כ קורן לדבריו של מקלב, ואמרה, כי "נוסח הטענות חסר כל שחר ואף מטעה. אלו הן הצהרות שווא והוצאת דברים מהקשרם. כאשה שגדלה והתחנכה בבית דתי, מכבדת את הדת וערכיה, אני מתנהלת לאורך כל הליך החקיקה בגיבוי פסקי הלכה גרידא ובד בבד, פועלת ביתר שאת להשגת פסק הלכה כולל, שייתן מענה לכל הסוגיות ההלכתיות שעשויות להתעורר ביישום החוק. זאת בהלימה מוחלטת עם ערכי הדת כפי ששבתי והצהרתי בפתח כל אחד מהדיונים שנערכו בנושא".
בשיחה עם 'כיכר השבת' הסבירה קורן, כי "הצעת החוק אומרת מפורשות, שבית המשפט שידון בבקשה לפתיחת קבר, יהיה חייב לבדוק את הפגיעה בכבוד המת. כמו כן, הצעת החוק מחייבת כי פתיחת הקבר תתבצע בהנחייתו ההלכתית של רב שימונה על ידי הרבנות הראשית בישראל. בל נשכח, כי בפרשת ילדי תימן, מזרח והבלקן התבצע פשע מאורגן. המטרה שעומדת לנגד עיניי היא להביא לגילוי האמת בפרשה האיומה וכל עיכוב בקידום הצעת החוק, מהווה פגיעה ישירה וקשה במשפחות שנאבקות מזה שנים, בדם ויזע, לפתיחת קברי הילדים. הצעת החוק מקדמת את זכותן של המשפחות לחקר האמת והזכות לדעת האם יקירם אכן מת וקבור במקום שצוין".
קורן הוסיפה כי "אני מאוד מופתעת מהדברים. החוק אינו סותר את ערכי הדת וניתן לקרוא זאת בנוסח הצעת החוק. אני מזמינה את ח"כ הרב אורי מקלב, להביא לשולחני הצעה לנוסח, על מנת שנוכל לעבור את המשוכה בהקדם, להעביר את הצעת החוק במושב הקרוב ובכך להביא בשורה ותקווה למשפחות".
אך מבדיקה נוספת שערך 'יתד נאמן' עם גורמים המעורים בפרטי הנושא, עולה כי מנסחי החוק התבססו על לקונה הקיימת בחוק כיום ובפועל, לא זו בלבד שיש סכנה מהנצחת הפרצה הזאת בחוק, אלא שהחוק החדש יגרום למצב גרוע יותר ולפרצה מוחלטת בתחום. כיום, במקרים בהם יש צורך בפתיחת קבר לצורך חקירה משטרתית וכדו', בית המשפט מקבל לידיו פניה מהמשטרה, מבני המשפחה או מגורמים בעלי עניין בנושא והוא מתיר את פתיחת הקבר. הפתיחה עצמה נעשית ע"י זק"א בפיקוח הלכתי, אך בפועל, הגורם הקובע והמכריע בכל שאלה והתפתחות לאורך ההליך, הוא אך ורק בית המשפט. המשמעות היא, כי עד היום, למרות הלקונה בחוק, אי אפשר היה לפתוח קבר ואי אפשר היה לעשות דבר ללא היתר מבית משפט, מהשופטים שצריכים להתחשב בנושא של כבוד המת. אך אם יעבור החוק בלשונו כיום, פתיחת קבר כבר לא תיקרא פגיעה בכבוד המת ודיון מיוחד יצטרך להתקיים רק בנסיבות מיוחדות. אך כפי שהוכח, השאלות הקשות לגבי המצב הקיים עדיין נותרו פתוחות, והשינוי המהותי צריך להיות כולל יותר ולכלול את כל המערכות הרלוונטיות, ולא רק לגבי ילדי תימן.