שתי הפגנות מאיימות ואף פעולות ונדליזם נגד בתי כנסת בטורקיה, בעקבות האירועים בהר הבית. בליל שישי הותקף בית הכנסת "נווה שלום" באיסטנבול על ידי עשרות מפגינים שהשליכו אבנים לעבר בית הכנסת, בעטו בדלתותיו וניסו להתפרץ פנימה. המפגינים ביקשו למחות על הצבת המגנומטרים בהר הבית וקראו קריאות "אללה אכבר".
בכניסה לבית הכנסת נאם מנהיג מקומי של מפלגת "האיחוד הלאומי", קורסאט מיצ'אן, והאשים את ישראל ב"הטרדת אחינו הפלסטינים ופגיעה בחופש הפולחן שלהם". הוא הוסיף: "או שהציונים יקחו את עצמם בידיים, או שנחזור לפה שוב". חלק מהמפגינים צעקו "אם לא תתנו לנו להיכנס למקום הקדוש שלנו, לא ניתן לכם להיכנס למקום הקדוש שלכם".
בתיעוד שהגיע מהמקום נראה אחד המפגינים כשהוא בועט בדלתות בית הכנסת ושני מפגינים טיפסו על הדתות ותלו שלטים ועליהם תמונות של כיפת הסלע. בקהילה היהודית נדהמו מכך שזמן קצר לפני ההפגנה ניידת המשטרה שמאבטחת דרך קבע את בית הכנסת – שבעבר היה יעד לפיגועי טרור – עזבה את המקום מה שמלמד על הסכמה שבשתיקה של הממשל הטורקי הידוע בקיצוניותו כנגד ישראל.
בשבת הותקף בית הכנסת העתיק על שם אחרידא בשכונת באלאט באיסטנבול, בית כנסת עתיק שהוקם במאה ה-15 על ידי מהגרים יהודים שהגיעו ממקדוניה ואשר במת החזן שלו נראית כמו תיבת נוח. כמו במקרה הראשון, גם שם ניידת המשטרה שמוצבת במקום נעלמה והמפגינים הגיעו וצבאו על בית הכנסת.
בקהילה היהודית חוששים מהאירועים ומכך שהם יגלשו לאלימות פיזית נגד המתפללים ופנו בקריאה לממשל ולשר הפנים לפעול למיגור התופעה. בהודעה רשמית דרשה הקהילה מהשלטונות לעצור את התופעה ודרשו כי המחאה תהיה מול שגרירויות וקונסוליות ולא מול בתי תפילה.
על פי הדיווח ב-ynet, מי שעומד מאחורי שתי ההתקפות הם לאומנים דתיים שקשורים למפלגה שנקראת "מפלגת האיחוד הלאומי" - שאמנם לא קשורה רשמית למפלגתו של ארדואן, אך קשורה אליה אידיאולוגית.
לדברי גורמים בקהילה היהודית, העובדה שהמשטרה עזבה את המקום בשני המקרים עשויה להעיד על כך שההפגנות התקיימו בהסכמה שקטה של השלטונות שאפשרו מעין "הוצאת קיטור" נגד יהודים. זאת הפעם הראשונה שהרשויות מאפשרות ככל הנראה הפגנות נגד בתי כנסת בטורקיה, ובקהילה רואים בכך תקדים מסוכן.
דיווחי התקשורת בטורקיה על אירועי הר הבית מעוותים ושקריים, והפיגוע שבו נרצחו שני שוטרים הוצג בכלל כאירוע שישראל יזמה כדי לדכא את חופש הפולחן של הפלסטינים וכתוצאה מכך הייתה סוג של התנגדות.
נשיא טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן גינה בשבת את השימוש המופרז שישראל עשתה בדיכוי ההפגנות כמחאה על הצבת המגנומטרים. ארדואן כינה את שלושת הפלסטינים שנהרגו במהומות שהידים. הנשיא הטורקי נמנע מלגנות את רצח השוטרים בהר הבית וכינה את הפיגוע "תקרית".