שלושה מחבלים שהגיעו להר הבית הלכו לכיון אחד השערים כשהם חמושים. תוך כדי הבחינו בשוטרים, ירו לעברם ונמלטו לכיון המסגדים בשטח הר הבית.
התנהל מרדף אחריהם. שלוש המחבלים חוסלו על ידי השוטרים אחד מהם כפי שניתן לראות רק לאחר שכבר שכב על הקרקע מנוטרל. על גופתם נתפסו 2 קרל גוסטב ואקדח. ישנם מספר פצועים במצב קשה.
בהוראת מפקד מחוז ירושלים נסגרו שערי הר הבית ושטח הר הבית פונה מאנשים לחלוטין תוך ביטול תפילות יום השישי של המוסלמים בהר.
נידאל סאדר חובש רפואת חירום של איחוד הצלה מצוות מזרח ירושלים שמתגורר בכניסה להר הבית והגיע ראשון לזירה סיפר: "מחלון ביתי נשמעו קולות ירי מתוך מתחם הר הבית. יצאתי ועליתי מיידית על אופנוע החירום של איחוד הצלה ולבקשת השוטרים נכנסתי ראשון למקום והתחלתי בפעולות ההחייאה בחצר מתחם הר הבית ע"י המסגד על פצוע אנוש יחד עם צוות רפואי של הסהר האדום תוך כדי שהצטרפו אלינו צוותי רפואה של המשטרה ומתנדבים נוספים של איחוד הצלה.
כמו כן, נמסר לנו כי פצוע נוסף במצב אנוש ושני נפגעים קל וקל עד בינוני טופלו ע"י מתנדבים נוספים בכניסה למתחם הר הבית".