בית חברת אל על לבין טייסיה סכסוך מתמשך שפוגע חמורות בקהל הטסים. טיסות מעוכבות כל העת או אפילו מתבטלות בהתראה קצרה וכרגע אין פתרון באופק.
המצב הבעייתי הביא את החברה לפתרון יצירתי שמזכיר מעט את התעלולים שעושים הטייסים כדי להגדיל את משכורתם. על פי הדיווח ב"ישראל היום", אחת התוכניות הנשקלות על ידי אל על היא להחכיר את כל מטוסיה ב"חכירה יבשה", כלומר ללא צוותים, לחברות ליסינג זרות, ולחכור מהן בחזרה את המטוסים ב"חכירה רטובה", כלומר עם צוותים זרים זאת כדי להתגבר על ההסכמים מול הטייסים ועקיפתם
שלשום נאלצה החברה לבטל ולדחות שלוש טיסות: שתיים לניו יורק ואחת לבנגקוק, וטיסות אחרות של החברה סובלות מאיחורים של שעות. בצעד חסר תקדים פרסמה החברה רשימה שבה פורטו תגובות הטייסים לבקשתה לטוס לניו יורק, כאשר מתוך 14 טייסים שפנתה אליהם חמישה לא ענו, שישה סירבו לבצע את הטיסה או לבצע טיסה מלאה (הלוך־חזור), והיתר הכריזו על עצמם חולים או לא כשירים לבצע את הטיסה מסיבות בריאותיות.
אל על פרסמה גם את התעלולים בהם נוקטים הטייסים כדי להגדיל את משכורתם אחת מהן היא הגדלת זמן הטיסה. לדוגמה: טיסה מת"א לניו-יורק ארכה לפני עשור 11 שעות וחצי ועכשיו 12 שעות ו-20 דקות בממוצע. החברה טוענת כי הטייסים מסיעים את המטוסים לאט על מסלולי ההסעה לקראת המראה וטסים במהירות נמוכה יותר. למה? כי אחרי 12 שעות שכרם עולה.
דרך נוספת על פי ההנהלה היא שיטת המחלה. לפי הנהלת אל על, בעוד ב-2014-2011 ממוצע ימי המחלה של הטייסים היה 9.7 ימים בשנה, ב-2016 הוא זינק ל-17.6 ימים בממוצע. לדברי ההנהלה, כשטייס מתקשר ברגע האחרון ומודיע שהוא חולה החברה נאלצת להקפיץ במקומו טייס אחר. הטייס מקבל עבור ההקפצה שכר של 230% משום שהוא מוצב בצורה לא מתוכננת. כעבור מספר שעות מתקשר הטייס ה"חולה" ומודיע שהבריא. החברה מציבה אותו לטיסה שבה חסר לה טייס. מאחר שגם הוא הוצב לטיסה שלא הייתה בלו"ז שלו, הוא גם מקבל תשלום חריג.
דרך נוספת היא "טייס בכיוון אחד". הנוהל קובע שבטיסה ליעדים מרוחקים יש צוות כפול. לאחר הנחיתה יש לצוות שעות מנוחה על פי הנהלים. ואולם, חלק מהטייסים דורשים לשוב לישראל לפני כן, וכיוון שהם אינם יכולים לעבוד הם טסים במנוחה במחלקת עסקים. כתוצאה מכך יש לעיתים צורך לשנמך נוסעים משלמים או להטיס אותם בחברות זרות. הוצאות החברה עקב הסידור הזה זינקו ב-347% בשנה האחרונה.
ועד הטייסים מסר בתגובה לפרסום בנוגע לטיסה לניו יורק שבוטלה כי "לפחות שישה קברניטים הביעו את הסכמתם לבצע את הטיסה בהתראה של כמה שעות ולחזור לארץ בהקדם האפשרי, אולם ההנהלה מאיימת בביטול הטיסה אם לא ייעתרו להישאר בניו יורק מספר ימים. הפגיעה בנוסעים מיותרת והאחריות לכך על ההנהלה והדירקטוריון".