לאחר לילה מתוח הודיע הבוקר (שישי) ראש הממשלה בנימין נתניהו כי הצליח לפתור את המשבר עם הסיעות החרדיות 'יהדות התורה' וש"ס באשר לעבודות הרכבת בתחנת השלום שבתל אביב, תוך כדי חילול שבת: העבודות בתחנת הרכבת בת"א יתקיימו בשבת בשל חשש לחיי אדם. עבודות הרכבת בנתיב נתב"ג מודיעין ידחו.
גורמים המעורים בנושא מציינים כי בפועל העבודות שתוכננו להיות מבוצעות בשבת הקרובה בתחנת רכבת השלום יבוצעו כמתוכנן: "ניצחון חרדי וודאי שאין כאן. זה יותר - ניסיון להימנע ממאבק, שקשה לדעת איך היו יוצאים ממנו", אומר אחד הגורמים".
במהלך הערב העבירו ראשי המפלגות החרדיות מכתב לראש הממשלה בנימין נתניהו ודרשו את התערבותו: "עבודות אלו, באם יבוצעו בהנחיית ממשלת ישראל בראשותך תוך חילול שבת בפרהסיה, יהוו תקדים חמור מאוד והפרה בוטה של הסטטוס קוו. תהליך זה מוביל דה פקטו להפיכת השבת הציבורית במדינת ישראל למרמס, דבר שלא קרה מאז הקמת מדינת ישראל".
ואכן, נתניהו התערב כדי לפתור את המחלוקת ולדברי לשכתו: "הוא ניהל דיונים לאורך הלילה ולאחר שנבחנו כל ההיבטים קיבל את ההחלטות" שימנעו את המשבר.
ההחלטות של ראש הממשלה בנימין נתניהו:
1 - כל העבודות שדחייתן כרוכה בסיכון חיים יתקיימו כמתוכנן, כולל זו בנתיבי איילון.
2 - העבודות על מסילת הרכבת בנתב"ג-מודיעין ובית יהושע-עתלית ניתנות לדחייה ולא יתקיימו בשבת זו.
3 - בנוסף תקום ועדה שתפקידה להדק את התאום בין משרד התחבורה לסיעות החרדיות. בראש הוועדה יעמוד ראש סגל לשכת ראש הממשלה, והיא תכלול את מנכ"לית משרד התחבורה, מפכ"ל המשטרה, ושרי הסיעות החרדיות או נציגיהם".
בתוך כך, במהלך הלילה התפתח עימות בין שר התחבורה ישראל כץ, לשר הפנים אריה דרעיי. אנשי כץ תדרכו את כלי התקשורת על "שיחה קשה" שהתקיימה בין השרים ובמהלכה הודיע שר התחבורה לשר הפנים כי אסור לו להתערב בנושא וכי הלחצים לא יעזרו.
דרעי זעם על הודעת כץ, ומקורביו הגיבו: "'השיחה הקשה' בין השרים דרעי לכץ לא היתה ולא נבראה. השרים דרעי וליצמן וח״כ גפני קיימו שיחת ועידה משותפת עם השר ישראל כץ, במהלכה הוא ניסה לשכנעם כי אסרו עליו להתערב וכי רק רה״מ יכול להחליט על ביטול העבודות בשבת. הרושם של ראשי הסיעות החרדיות הוא שהשבת נפגעת בשל המאבקים במזכירות הליכוד".
הכתב המדיני של "הארץ" ברק רביד, התייחס לכותרות ולעג להם: "עם כל הכבוד להודעות המפוצצות של נתניהו ולאיומים המלאכותיים של ש"ס ויהדות התורה, מה שקרה הבוקר הוא שישראל כץ והמציאות של ישראל שנת 2016 ניצחו".