הרב הצבאי הראשי תת-אלוף רפי פרץ, מגיב לראשונה באמצעות עורך דינו אילן בומבך להחלטת הרמטכ"ל לנזוף בו בשל המלצתו להעניק תואר רב עיר לראש מטהו ולהגדיל את שכרו.
בשיחה עם "כיכר השבת" אמר בומבך כי הרב אינו אשם בפרשה: "הרבצ"ר אינו אחראי למחדל. גם התביעה לא טענה זאת, אל"מ א' קיבל את ההסמכה כרב עיר ממועצת הרבנות הראשית שהיא הגוף הבלעדי שמוסמך ליתן הסמכה כזו".
הפרקליט הוסיף כי "הרבצ"ר בסך הכל תיאר את המציאות כהווייתה, שהוא משמש כסגנו לכל דבר. לא מדובר בשום חשש לפגיעה בטוהר המידות. בניגוד לאל"מ א' שאולץ לפרוש מיד, הרבצ"ר מתכוון לפרוש בקיץ ללא כל קשר לכך".
גורם בצה"ל אמר ל"כיכר השבת" כי הרב הצבאי נהג שלא לפי הפקודות כשהמליץ לרבנות הראשית להעניק לקצינים הכרה כרב פיקוד. הגורם הוסיף כי בפרשה מעורבים שני רבנים, אחד בדרגת אלוף-משנה שמשמש במקביל בתפקיד ביטחון מידע ורב נוסף בדרגת רב-סרן.
ראש המטה הוכשר והוסמך בדרגה של רב פיקוד, אך לא שימש בתפקיד זה ולכן היה אמור להשתכר בסכום אחר וקטן יותר. כפי שפורסם, הוא ייאלץ להשיב עשרות אלפי שקלים למדינה. הרב השני לא יצטרך להשיב כסף ויסתפק בנזיפה מראש אגף כוח אדם בצה"ל האלוף חגי טופלנסקי.
הגורם ציין כי החלטת הרמטכ"ל הינה תקדימית, אולם היא נעשתה כדי להמחיש את החומרה בה נוהגים כלפי קצינים בכירים בצה"ל שלא פועלים כמצופה מהם.. הוא שב והבהיר כי אין חשדות לפלילים נגד מי מהמעורבים.
הגורם הוסיף כי ראש אג"ת לשעבר האלוף במיל' נמרוד שפר שמונה על ידי הרמטכ"ל לחקור את הפרשה, בודק בין היתר גם אם יש רבנים נוספים שהגישו בקשה דומה להסמכה כרב עיר.