ראש המוסד לשעבר מאיר דגן תוקף בחריפות את ראש הממשלה בנימין נתניהו בנוגע לנסיעתו לארה"ב, נאומו בקונגרס, המשבר עם הבית הלבן ונשיא ארה"ב ברק אובמה וההתנהלות בנוגע לסוגיית הגרעין האירני. בראיון לנחום ברנע ושמעון שיפר במוסף שבת של "ידיעות אחרונות" אמר דגן כי "מי שהביא את הנזק האסטרטגי הגדול ביותר על ישראל בנושא האיראני הוא ראש הממשלה".
לדבריו, "נתניהו צריך לפעול על פי הערכת מצב מפוכחת. אתה צריך לחשוב על המטרה. הנאום שלו לא נדון עם הגורמים המקצועיים. אולי הוא דיבר עם גורמים פוליטיים. מה נתניהו ישיג בנסיעה הזאת? אני לא מצליח להבין. מה המטרה שלו, מחיאות כפיים? הנסיעה הזאת היא כישלון ידוע מראש".
"ראש ממשלה ישראלי שנכנס לעימות עם ממשל אמריקאי צריך לשאול מה הסיכונים" אמר דגן, "מטריית הווטו שהאמריקאים פורשים עלינו עלולה להיעלם, ובתוך זמן קצר ישראל תמצא את עצמה מול סנקציות בינלאומיות. הסיכונים בעימות כזה בלתי נסבלים. האיראנים עומדים מול המחזה הזה וחוגגים. הם מרגישים שהצליחו להכניס טריז בין ישראל לבעלת בריתה, בין השטן הקטן לשטן הגדול".
לדבריו, "כל הגופים המקצועיים התנגדו לתקיפה צבאית ישראלית באיראן. נתניהו לא רצה ללכת להחלטה דרמטית מול ראשי המערכת כי ידע שבסופו של דבר האחריות תיפול עליו. בחיים לא ראיתי אותו לוקח אחריות על משהו. ראיתי מנהיגים שהגיעו להחלטות ואחר כך הודו, טעינו. אף אחד לא חסין משגיאות. ההבדל בינו לבין אחרים הוא בנכונות לקחת אחריות. הוא חזק בדיבורים, לא במעשים".
על מבצע "צוק איתן" אמר דגן: "מה השגנו? כלום. חוץ מהפסקת אש שתופר בהחלטה של חמאס. נתניהו ניהל את העניין לא נכון. הדבר היחיד שעניין אותו היה להצטלם על רקע מפות. אומרים שנתניהו נהג באחריות. אחריות? זה היה חיפוי על אפס מעשה. לא הייתה שום חשיבה מה רוצים להשיג במבצע הזה".