קצת יותר משנה אחרי שהתמודד לראשות העיר בית שמש ונחל תבוסה גם בסבב השני שנערך עקב החלטת בית המשפט, אלי כהן יצא לדרך חדשה ומצא משרה אחרת - הרחק מהקלחת הפוליטית הפנימית בה הוא נוטל עדיין חלק אינטגרלי.
בתקופה האחרונה החל כהן לעמוד בראש הפרויקט החדש של "הקרן לידידות", שגדולי התורה אסרו כל קשר עמה. מדובר בפרויקט לעליית יהודים לישראל בדומה לנעשה בסוכנות היהודית בה היה שימש כהן כמנהל מחלקה.
מיד לאחר תום המירוץ לראש העיר בית שמש שגרמה לפילוג בין התושבים החילוניים, הדתיים והחרדים, שב כהן לכהן כסמנכ"ל חברת מקורות ולאחר זמן מה סיים את תפקידו ואת ארבע שנות פעילותו בחברה.
מאז כינונה של מועצת העיר בראשות משה אבוטבול, מכהן כהן כיו"ר האופוזיציה בעיר המונה תשעה נציגים. למרות ניסיונות חוזרים ונשנים, הסיעות החילוניות העדיפו להישאר בספסלי האופוזיציה.
אלי כהן אישר את הפרטים ל"כיכר השבת" ומסר כי הוא כעת שוהה באוקראינה בכדי להביא עוד מאתיים עשרים עולים חדשים לישראל, לאחר שבשבוע שעבר עלו מאות אחרים מאזורי הקרבות במדונייצק ולוגנסק שברוסיה.